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Enregistrement W3015328062 · doi:10.1128/msphere.00153-20

Functional Characterization of Clinical Isolates of the Opportunistic Fungal Pathogen Aspergillus nidulans

2020· article· en· W3015328062 sur OpenAlexaff
Rafael Wesley Bastos, Clara Valero, Lilian Pereira Silva, Taylor J. Schoen, Milton T. Drott, Verônica S. Brauer, Rafael Silva‐Rocha, Abigail Lind, Jacob L. Steenwyk, Antonis Rokas, Fernando Rodrigues, Agustin Reséndiz-Sharpe, Katrien Lagrou, Marina Marcet‐Houben, Toni Gabaldón, Erin McDonnell, Ian D. Reid, Adrian Tsang, Berl R. Oakley, Flávio V. Loures, Fausto Almeida, Anna Huttenlocher, Nancy P. Keller, Laure Nicolas Annick Ries, Gustavo H. Goldman

Notice bibliographique

RevuemSphere · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensConcordia University
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingEuropean Regional Development FundConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoUniversidade Federal de Minas GeraisMinistério da Ciência, Tecnologia e InovaçãoAW Howard Memorial TrustFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésAspergillus nidulansVirulenceBiologyMicrobiologyContext (archaeology)AspergillusChronic granulomatous diseaseAspergillus fumigatusGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Immunocompromised patients are susceptible to infections with opportunistic filamentous fungi from the genus Aspergillus . Although A. fumigatus is the main etiological agent of Aspergillus species-related infections, other species, such as A. nidulans , are prevalent in a condition-specific manner. A. nidulans is a predominant infective agent in patients suffering from chronic granulomatous disease (CGD). A. nidulans isolates have mainly been studied in the context of CGD although infection with A. nidulans also occurs in non-CGD patients. This study carried out a detailed biological characterization of two non-CGD A. nidulans clinical isolates and compared the results to those with a reference strain. Phenotypic, metabolomic, and genomic analyses highlight fundamental differences in carbon source utilization, stress responses, and maintenance of cell wall integrity among the strains. One clinical strain had increased virulence in models with impaired neutrophil function. Just as in A. fumigatus , strain heterogeneity exists in A. nidulans clinical strains that can define virulence traits.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,083
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations69
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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