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Enregistrement W3015486681 · doi:10.1038/s41467-020-17312-3

Multivariate genomic scan implicates novel loci and haem metabolism in human ageing

2020· review· en· W3015486681 sur OpenAlexaff
Paul R. H. J. Timmers, James F. Wilson, Peter K. Joshi, Joris Deelen

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensCentre for Global Health Research
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilUniversity of EdinburghAlexander von Humboldt-Stiftung
Mots-clésMultivariate statisticsAgeingComputational biologyBiologyGeneticsMultivariate analysisEvolutionary biologyBioinformaticsComputer scienceMedicineInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ageing phenotypes, such as years lived in good health (healthspan), total years lived (lifespan), and survival until an exceptional old age (longevity), are of interest to us all but require exceptionally large sample sizes to study genetically. Here we combine existing genome-wide association summary statistics for healthspan, parental lifespan, and longevity in a multivariate framework, increasing statistical power, and identify 10 genomic loci which influence all three phenotypes, of which five (near FOXO3, SLC4A7, LINC02513, ZW10, and FGD6) have not been reported previously at genome-wide significance. The majority of these 10 loci are associated with cardiovascular disease and some affect the expression of genes known to change their activity with age. In total, we implicate 78 genes, and find these to be enriched for ageing pathways previously highlighted in model organisms, such as the response to DNA damage, apoptosis, and homeostasis. Finally, we identify a pathway worthy of further study: haem metabolism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,047
Tête enseignante GPT0,372
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations161
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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