The myeloid lineage‐determining transcription factor PU.1 induces enhancer‐promoter looping that promotes IL‐1β enhancer and messenger RNA production in non‐myeloid melanoma cells
Notice bibliographique
Résumé
The DNA‐binding protein purine rich (PU.1) is a lineage determining transcription factor required for development of myeloid cells such as monocytes/macrophages. PU.1 is regarded as a pioneering transcription factor for macrophage differentiation due to its ability to bind “closed” genomic sites and initiate/maintain “open” chromatin state in macrophage‐restricted response genes. To date, however, precise mechanism of PU.1 in remodeling chromatin is yet to be elucidated. The non‐myeloid melanoma B16.BL6 cells response to the bacterial cell wall component lipopolysaccharide (LPS) and activate the transcription factor NF‐κB, but do not produce cytokines. Ectopic expression of PU.1 rendered these cells express the cytokine interleukin 1‐β (IL1b) in response to LPS. PU.1 induced chromatin remodeling that caused interaction between the IL1b promoter and enhancer (located ~10 kb upstream of the IL1b transcription start site) in non‐activated cells; upon activation, PU.1 recruited NF‐κB to these genomic regions. The N‐terminal domain (1–30) of PU.1 was important for both promoter‐enhancer looping and IL1b eRNA/mRNA production; whereas, the acidic and glutamine rich domains (33–100) were required for eRNA/mRNA production but dispensable for the DNA looping. eRNA production and histone acetylation were required for NF‐κB recruitment and IL1b mRNA expression, but not for the DNA looping. Altogether, this study indicates that PU.1 induces enhancer‐promoter looping that sequentially allows activation‐dependent histone acetylation, recruitment of NF‐κB and production of enhancer RNAs, all of which are required for an optimal IL1b production. Support or Funding Information The Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada ‐ Discovery Grant (RGPIN‐2018‐05514) This abstract is from the Experimental Biology 2019 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».