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Enregistrement W3015733395 · doi:10.1096/fasebj.21.5.a136-c

Microarray analysis of embryonic kidney patterning signals

2007· article· en· W3015733395 sur OpenAlexaff
Peter D. Vize

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRenal and related cancers
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésKidney developmentNephronBiologyKidneyGlomerulusSonic hedgehogCell biologyEmbryoEmbryogenesisHedgehogEmbryonic stem cellInternal medicineEndocrinologyGeneticsGeneSignal transductionMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Frog embryos have a simple embryonic kidney that contains a single giant nephron and an external glomerulus. These are known as pronephric kidneys and are essential for the survival of the embryo up until metamorphosis. The role of individual genes in kidney development can be analyzed in frog embryos by injecting in vitro synthesized mRNA encoding a product of interest, waiting two days for the pronephroi to form, then assaying kidney structure or function. We have used this simple system to assess the role of various long and short range signals on kidney development. Hedgehog was found to have potent effects on the tubular portion of the kidney but to have no impact on glomerular development. Exposure to hedgehog therefore generates functional glomeruli in the complete absence of a nephron. The mode of action of hedgehog was analyzed using microarray analysis of microdissected kidney primordia from mRNA injected embryos. The data generated in this manner identified a number of genes already known to be critical for kidney development, plus hundreds of new candidates that may be equally important. Follow up experiments on one of these, fgf8, confirmed a novel but essential role for this molecule in the pronephric mesenchymal to epithelial transition.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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