Structure of the Alternative Complex III from <i>Flavobacterium johnsoniae</i> in a Supercomplex with Cytochrome <i>c</i> Oxidase
Notice bibliographique
Résumé
Alternative Complex III (ACIII), like Complex III, catalyzes the oxidation of membrane‐bound quinol and reduction of cytochrome c , but is structurally unrelated to Complex III. We solubilized the ACIII directly from membranes of Flavobacterium johnsoniae using styrene maleic acid (SMA) copolymer in the absence of traditional detergents. The ACIII was isolated as a functional 1:1 supercomplex with an aa 3 ‐type cytochrome c oxidase (cyt aa 3 ) within SMA copolymer nanodiscs. We determined the structure of the ACIII component of the supercomplex to 3.4 Å resolution by cryo‐EM and constructed an atomic model for its six subunits, two of which are anchored to the lipid bilayer with N‐terminal triacylated cysteine residues, resolved here for the first time. The structure also contains a [3Fe‐4S] cluster, a [4Fe‐4S] cluster, and six hemes c along with 11 phospholipid molecules. The ACIII is in direct contact with subunit III of the cyt aa 3 component of the supercomplex. The structure revealed that this subunit is structurally modified from the canonical form of subunit III to facilitate association with ACIII, suggesting a specific role of the supercomplex in the respiratory system of this bacterium. Support or Funding Information This work was supported by funds from the National Institutes of Health (R01‐HL16101 to R.B.G., P41‐GM104601, U54‐GM087519, and R01‐GM123455 to E.T.) and Canadian Institutes of Health Research (MOP‐81294 to J.L.R.); J.L.R. was supported by the Canada Research Chairs program. Some of this work was performed at the Simons Electron Microscopy Center and National Resource for Automated Molecular Microscopy, supported by grants from the Simons Foundation (349247), and the National Institute of General Medical Sciences (GM103310, OD019994). Molecular dynamics simulations were performed at Blue Waters (ACI‐1713784 to E.T.) and XSEDE (MCA06N060 to E.T.). Blue Waters is supported by the National Science Foundation (OCI‐0725070 and ACI‐1238993) and the state of Illinois. XSEDE is supported by the National Science Foundation (ACI‐1548562). We thank Mark Mcbride for kindly providing us with the Flavobacterium johnsoniae UW101 strain. We thank Bridget Carragher and Clint Potter for facilitating access to the Titan Krios and Zhening Zhang for collecting data. We also thank Mohammad Mazhab‐Jafari for advice on building atomic models.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».