MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3016337782 · doi:10.1038/s41467-020-15774-z

Intramolecular chaperone-mediated secretion of an Rhs effector toxin by a type VI secretion system

2020· article· en· W3016337782 sur OpenAlexafffund
Tong‐Tong Pei, Hao Li, Xiaoye Liang, Zeng‐Hang Wang, Guangfeng Liu, Lili Wu, Haeun Kim, Zhiping Xie, Ming Yu, Shuangjun Lin, Ping Xu, Tao Dong

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueVibrio bacteria research studies
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésSecretionEffectorChaperone (clinical)ToxinCell biologyIntramolecular forceBiologyChemistryMicrobiologyBiochemistryMedicineStereochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bacterial Rhs proteins containing toxic domains are often secreted by type VI secretion systems (T6SSs) through unclear mechanisms. Here, we show that the T6SS Rhs-family effector TseI of Aeromonas dhakensis is subject to self-cleavage at both the N- and the C-terminus, releasing the middle Rhs core and two VgrG-interacting domains (which we name VIRN and VIRC). VIRC is an endonuclease, and the immunity protein TsiI protects against VIRC toxicity through direct interaction. Proteolytic release of VIRC and VIRN is mediated, respectively, by an internal aspartic protease activity and by two conserved glutamic residues in the Rhs core. Mutations abolishing self-cleavage do not block secretion, but reduce TseI toxicity. Deletion of VIRN or the Rhs core abolishes secretion. TseI homologs from Pseudomonas syringae, P. aeruginosa, and Vibrio parahaemolyticus are also self-cleaved. VIRN and VIRC interact with protein VgrG1, while the Rhs core interacts with protein TecI. We propose that VIRN and the Rhs core act as T6SS intramolecular chaperones to facilitate toxin secretion and function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,166
Score d'incertitude au seuil0,520

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,287
Écart entre enseignants0,274 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations80
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueNature CommunicationsMême sujetVibrio bacteria research studiesTravaux en français237 207