Salmonella Pathogenicity Island 1 (SPI-1): The Evolution and Stabilization of a Core Genomic Type Three Secretion System
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella Pathogenicity Island 1 (SPI-1) encodes a type three secretion system (T3SS), effector proteins, and associated transcription factors that together enable invasion of epithelial cells in animal intestines. The horizontal acquisition of SPI-1 by the common ancestor of all Salmonella is considered a prime example of how gene islands potentiate the emergence of new pathogens with expanded niche ranges. However, the evolutionary history of SPI-1 has attracted little attention. Here, we apply phylogenetic comparisons across the family Enterobacteriaceae to examine the history of SPI-1, improving the resolution of its boundaries and unique architecture by identifying its composite gene modules. SPI-1 is located between the core genes fhlA and mutS, a hotspot for the gain and loss of horizontally acquired genes. Despite the plasticity of this locus, SPI-1 demonstrates stable residency of many tens of millions of years in a host genome, unlike short-lived homologous T3SS and effector islands including Escherichia ETT2, Yersinia YSA, Pantoea PSI-2, Sodalis SSR2, and Chromobacterium CPI-1. SPI-1 employs a unique series of regulatory switches, starting with the dedicated transcription factors HilC and HilD, and flowing through the central SPI-1 regulator HilA. HilA is shared with other T3SS, but HilC and HilD may have their evolutionary origins in Salmonella. The hilA, hilC, and hilD gene promoters are the most AT-rich DNA in SPI-1, placing them under tight control by the transcriptional repressor H-NS. In all Salmonella lineages, these three promoters resist amelioration towards the genomic average, ensuring strong repression by H-NS. Hence, early development of a robust and well-integrated regulatory network may explain the evolutionary stability of SPI-1 compared to T3SS gene islands in other species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».