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Enregistrement W3016946067 · doi:10.5197/j.2044-0588.2020.041.021

First report of bacterial spot caused by <i>Xanthomonas cucurbitae</i> on pumpkin in Italy

2020· article· en· W3016946067 sur OpenAlexaboutno aff
İrem Altın, L. Casoli, Emilio Stefani

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Pathogenic Bacteria Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSpotsCucurbita moschataBiologyCucurbita maximaHorticultureInoculationBlack spotLeaf spotBotany

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In 2018, a disease outbreak was observed on pumpkin (Cucurbita moschata cv. Violina) in the municipality of Reggio Emilia (Northern Italy). Symptoms were observed on leaves and fruits. On leaves, chlorotic spots appeared in July, after a period of rainstorms, later turning necrotic and coalescing (Fig. 1). On fruits, small, brown spots developed (Fig. 2); some necrotic spots became infected by saprophytes and developed rots (Fig. 3). In the affected field, around 90% of fruits were diseased, leading to a total loss of production. In summer 2019, the disease was again observed in the same and neighbouring municipalities affecting two pumpkin varieties (C. moschata cv. Violina and C. maxima cv. Mantovana), displaying the same symptoms as in the previous year (Fig. 4). Symptoms were also observed on watermelon; small necrotic spots developed on leaves, only rarely confluent in large necrotic areas (Fig. 5) whereas, on fruits, no symptom was noted. Isolation from symptomatic tissue was attempted on glucose yeast chalk agar medium. Bright yellow and mucoid colonies, with entire margins, developed after 48-60 hours at 28°C. Individual colonies were further purified for identification. Pathogenicity of isolates was confirmed on young pumpkin plants (C. moschata and C. maxima, 4 to 6 true leaves) by spraying a bacterial suspension (107 cfu/ml) on the canopy; inoculated plants were then kept in a glasshouse and observed for symptom development for up to three weeks. Re-isolated bacteria were identical to the original strains as determined by rep-PCR, thereby fulfilling Koch's postulates. Simplex-PCR with Xanthomonas cucurbitae genus-specific primers (RST2/RST3) produced a 1.4 kb amplicon, similar to X. cucurbitae, type strain CFBP 2542. Isolate identity was confirmed by sequencing of the gyrB, rpoD, fyuA and dnaK housekeeping genes (GenBank Accession Nos.: gyrB: MT110622, rpoD: MT215599, fyuA: MT110623 dnaK, MT227561). BLAST comparison of representative isolates in GenBank showed 99.76-100% identity with X. cucurbitae strains (ICMP 2299, ICMP 2179, ICMP 4767). Therefore, the pathogenic xanthomonads isolated in the province of Reggio Emilia were identified as Xanthomonas cucurbitae. Prior to 1980, a few unconfirmed records of the pathogen were reported in the former Soviet Union (Kiryukhina, 4). More recently, bacterial spot of pumpkins was reported in India, China and Nepal (Lamichhane et al., 5). Bacterial spot of pumpkin is also present in other countries, such as the USA, where it may cause up to 90% crop loss in infected fields (Babadoost & Ravanlou, 1) and in Canada (Trueman et al., 6). Recently, the cause of leaf spot of pumpkin affecting fields in Styria (Austria) was attributed to a set of phytopathogenic bacteria, including X. cucurbitae (Huss, 3), although no official identification was completed. This is the first confirmed report of bacterial spot of pumpkin, followed by isolation, identification and characterisation of its causal agent, Xanthomonas cucurbitae, in Italy and Europe. The geographical origin of the pathogen is unknown, but its introduction might be connected with the international trade of pumpkin seed. Our observation of X. cucurbitae leaf spot on watermelon supports the report of Dutta et al. (2). Further research is needed to assess the host range of the Italian isolates of X. cucurbitae amongst cucurbits. Research conducted in the framework of the EU-COST Action CA16107 “EuroXanth: Integrating Science on Xanthomonadaceae”.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,207
Écart entre enseignants0,187 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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