Genetic Analysis of Invasive Pneumococcal Isolates from Children in Ontario, Canada, 2007–2012
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Multilocus sequence typing (MLST) is commonly used to understand the genetic background of invasive pneumococcal disease (IPD) isolates. This study was conducted to identify serotype and genetic change among IPD isolates in Canadian children following vaccine use. METHODS: Clinical isolates collected from children ≤5 years old of Ontario, Canada with IPD during 2007-2012 were characterized with serotyping, multilocus sequence typing and antimicrobial susceptibility testing. RESULTS: One year after 13-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV13) implementation, a decline in 19A and 7F was observed in 2012, coincident with the rise of serogroup 15 and 22F. Clonal complex (CC) 199, CC320 and CC695 are 3 major CCs in 19A (74%). From 2007 to 2012, clonal shift was detected in the 19A population as CC320 and CC199 declined, whereas CC695 rose to a majority. Genetically, serogroup 15 was composed of 2 CCs and 7 sequence types (STs), making it more diverse than serotypes 3, 7F and 22F. Interestingly, 60% of 15C isolates were a novel ST, suggesting high single nucleotide polymorphism frequency in house-keeping genes of 15C. Several newly appeared STs found in 19A and 15 indicate the possibility of recent serotype switching events. CONCLUSION: Genetic shift because of PCV13 impact may have resulted in the decline of 19A in IPD. Recent rise of serogroup 15 infections in children could be because of its selective advantage conferred by genetic diversity, frequent recombination in the population plus drug resistance potential related to CC63 genotype. Close monitoring of serotype replacement and genetic change in IPD among children post-PCV13 is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».