A Diversified Dietary Pattern Is Associated With a Balanced Gut Microbial Composition of Faecalibacterium and Escherichia/Shigella in Patients With Crohn’s Disease in Remission
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND AIMS: Crohn's disease [CD] is associated with alterations in gut microbial composition and function. The present controlled-intervention study investigated the relationship between patterns of dietary intake and baseline gut microbiota in CD patients in remission and examined the effects of a dietary intervention in patients consuming a non-diversified diet [NDD]. METHODS: Forty outpatients with quiescent CD were recruited in Calgary, Alberta, Canada. Based on 3-day food records, patients consuming a lower plant-based and higher red and processed meat-based diet were assigned to the NDD group [n = 15] and received a 12-week structured dietary intervention; all other patients were assigned to the diversified diet [DD] control group [n = 25] and received conventional management. Faecal microbiota composition, short chain fatty acids [SCFAs] and calprotectin were measured. RESULTS: At baseline the NDD and DD groups had a different faecal microbial beta-diversity [p = 0.003, permutational multivariate analysis of variance]. The NDD group had lower Faecalibacterium and higher Escherichia/Shigella relative abundances compared to the DD group [3.3 ± 5.4% vs. 8.5 ± 10.6%; 6.9 ± 12.2% vs. 1.6 ± 4.4%; p ≤ 0.03, analysis of covariance]. These two genera showed a strong negative correlation [rs = -0.60, q = 0.0002]. Faecal butyrate showed a positive correlation with Faecalibacterium [rs = 0.52, q = 0.002], and an inhibitory relationship with Escherichia/Shigella abundance [four-parameter sigmoidal model, R = -0.83; rs = -0.44, q = 0.01], respectively. After the 12 weeks of dietary intervention, no difference in microbial beta-diversity between the two groups was observed [p = 0.43]. The NDD group demonstrated an increase in Faecalibacterium [p < 0.05, generalized estimated equation model], and resembled the DD group at the end of the intervention [p = 0.84, t-test with permutation]. We did not find an association of diet with faecal SCFAs or calprotectin. CONCLUSIONS: Dietary patterns are associated with specific gut microbial compositions in CD patients in remission. A diet intervention in patients consuming a NDD modifies gut microbial composition to resemble that seen in patients consuming a DD. These results show that diet is important in shaping the microbial dysbiosis signature in CD towards a balanced community.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».