ArdC, a ssDNA-binding protein with a metalloprotease domain, overpasses the recipient hsdRMS restriction system broadening conjugation host range
Notice bibliographique
Résumé
Plasmids, when transferred by conjugation in natural environments, must overpass restriction-modification systems of the recipient cell.We demonstrate that protein ArdC, encoded by broad host range plasmid R388, was required for conjugation from Escherichia coli to Pseudomonas putida.Expression of ardC was required in the recipient cells, but not in the donor cells.Besides, ardC was not required for conjugation if the hsdRMS system was deleted in P. putida recipient cells.ardC was also required if the hsdRMS system was present in E. coli recipient cells.Thus, ArdC has antirestriction activity against the HsdRMS system and consequently broadens R388 plasmid host range.The crystal structure of ArdC was solved both in the absence and presence of Mn 2+ .ArdC is composed of a non-specific ssDNA binding N-terminal domain and a C-terminal metalloprotease domain, although the metalloprotease activity was not needed for the antirestriction function.We also observed by RNA-seq that ArdC-dependent conjugation triggered an SOS response in the P. putida recipient cells.Our findings give new insights, and open new questions, into the antirestriction strategies developed by plasmids to counteract bacterial restriction strategies and settle into new hosts. Author summaryHorizontal gene transfer is the main mechanism by which bacteria acquire and disseminate new traits, such as antibiotic resistance genes, that allow adaptation and evolution.Here we identified a gene, ardC, that enables a plasmid to increase its conjugative host range, and thus positively contributes to plasmid fitness.The crystal structure of the antirestriction protein ArdC revealed a fold different from other antirestriction proteins.Our results have wide implications for understanding how a gene enlarges the environments a plasmid can colonize and point to new targets to harness the bacterial DNA uptake control.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».