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Enregistrement W3021361205 · doi:10.1101/2020.05.02.20080879

Validation of a commercially available SARS-CoV-2 serological Immunoassay

2020· preprint· en· W3021361205 sur OpenAlexaff
Benjamin Meyer, Giulia Torriani, Sabine Yerly, Léna Mazza, Adrien Calame, Isabelle Arm‐Vernez, Gert Zimmer, Thomas Agoritsas, Jérôme Stirnemann, Hervé Spechbach, Idris Guessous, Silvia Stringhini, Jérôme Pugin, Pascale Roux‐Lombard, Lionel Fontao, Claire‐Anne Siegrist, Isabella Eckerle, Nicolas Vuilleumier, Laurent Kaiser

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensImpact
Organismes subventionnairesHôpitaux Universitaires de GenèveGeorg-August-Universität Göttingen
Mots-clésSerologyImmunoassayReceiver operating characteristicConfidence intervalMedicineCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)AntibodyArea under the curvePredictive valueImmunologyDiagnostic accuracyInternal medicineGastroenterologyVirology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objectives To validate the diagnostic accuracy of a Euroimmun SARS-CoV-2 IgG and IgA immunoassay for COVID-19. Methods In this unmatched (1:1) case-control validation study, we used sera of 181 laboratory-confirmed SARS-CoV-2 cases and 176 controls collected before SARS-CoV-2 emergence. Diagnostic accuracy of the immunoassay was assessed against a whole spike protein-based recombinant immunofluorescence assay (rIFA) by receiver operating characteristic (ROC) analyses. Discrepant cases between ELISA and rIFA were further tested by pseudo-neutralization assay. Results COVID-19 patients were more likely to be male and older than controls, and 50.3% were hospitalized. ROC curve analyses indicated that IgG and IgA had high diagnostic accuracies with AUCs of 0.992 (95% Confidence Interval [95%CI]: 0.986-0.996) and 0.977 (95%CI: 0.963-0.990), respectively. IgG assays outperformed IgA assays (p=0.008). Taking an assessed 15% inter-assay imprecision into account, an optimized IgG ratio cut-off > 1.5 displayed a 100% specificity (95%CI: 98–100) and a 100% positive predictive value (95%CI: 97-100). A 0.5 cut-off displayed a 97% sensitivity (95%CI: 93–99) and a 97% negative predictive value (95%CI: 93–99). Substituting these thresholds for the manufacturer’s, improved assay performance, leaving 12% of IgG ratios indeterminate between 0.5-1.5. Conclusions The Euroimmun assay displays a nearly optimal diagnostic accuracy using IgG against SARS-CoV-2 in patient samples, with no obvious gains from IgA serology. The optimized cut-offs are fit for rule-in and rule-out purposes, allowing determination of whether individuals in our study population have been exposed to SARS-CoV-2 or not. IgG serology should however not be considered as a surrogate of protection at this stage.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,142
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,127
Tête enseignante GPT0,373
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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