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Enregistrement W3021472336 · doi:10.1038/s41467-020-16022-0

A phenome-wide association and Mendelian Randomisation study of polygenic risk for depression in UK Biobank

2020· article· en· W3021472336 sur OpenAlexaff
Xueyi Shen, David M. Howard, Mark J. Adams, W. David Hill, Toni-Kim Clarke, Toni‐Kim Clarke, Andrew M. McIntosh, Ian J. Deary, Naomi R. Wray, Stephan Ripke, Manuel Mattheisen, Maciej Trzaskowski, Enda M. Byrne, Abdel Abdellaoui, Esben Agerbo, Tracy Air, Till F. M. Andlauer, Silviu‐Alin Bacanu, Marie Bækvad‐Hansen, Aartjan T.F. Beekman, Tim B. Bigdeli, Elisabeth B. Binder, Julien Bryois, Henriette N. Buttenschøn, Jonas Bybjerg‐Grauholm, Na Cai, Enrique Castelao, Jane Christensen, Jonathan R. I. Coleman, Lucía Colodro‐Conde, Baptiste Couvy‐Duchesne, Nick Craddock, Gregory E. Crawford, Gail Davies, Franziska Degenhardt, Eske M. Derks, Neşe Direk, Conor V. Dolan, Erin C. Dunn, Thalia C. Eley, Valentina Escott‐Price, Farnush Farhadi Hassan Kiadeh, Hilary K. Finucane, Jerome C. Foo, Andreas J. Forstner, Josef Frank, Helena Gaspar, Michael Gill, Fernando S. Goes, Scott D. Gordon, Jakob Grove, Lynsey S. Hall, Christine Søholm Hansen, Thomas Folkmann Hansen, Stefan Herms, Ian B. Hickie, Per Hoffmann, Georg Homuth, Carsten Horn, Jouke‐Jan Hottenga, David M. Hougaard, Marcus Ising, Rick Jansen, Ian Jones, Lisa Jones, Eric Jorgenson, James A. Knowles, Isaac S. Kohane, Julia Kraft, Warren W. Kretzschmar, Zoltán Kutalik, Yihan Li, Penelope A. Lind, Donald J. MacIntyre, Dean F. MacKinnon, Robert Maier, Wolfgang Maier, Jonathan Marchini, Hamdi Mbarek, Patrick J. McGrath, Peter McGuffin, Sarah E. Medland, Divya Mehta, Christel M. Middeldorp, Evelin Mihailov, Yuri Milaneschi, Lili Milani, Francis M. Mondimore, Grant W. Montgomery, Sara Mostafavi, Niamh Mullins, Matthias Nauck, Bernard Ng, Michel G. Nivard, Dale R. Nyholt, Paul F. O’Reilly, Högni Óskarsson, Michael J. Owen, Jodie N. Painter, Carsten Bøcker Pedersen, Marianne Giørtz Pedersen, Roseann E. Peterson, Erik Pettersson, Wouter J. Peyrot, Giorgio Pistis, Daniëlle Posthuma, Jorge A. Quiroz, Per Qvist, John P. Rice, Brien P. Riley, Margarita Rivera, Saira Saeed Mirza, Robert A. Schoevers, Eva C. Schulte, Ling Shen, Jianxin Shi, Stanley I. Shyn, Engilbert Sigurðsson, Grant Sinnamon, Johannes H. Smit, Daniel J. Smıth, Hreinn Stefánsson, Stacy Steinberg, Fabian Streit, Jana Strohmaier, Katherine E. Tansey, Henning Teismann, Alexander Teumer, Wesley Thompson, Pippa A. Thomson, Thorgeir E. Thorgeirsson, Matthew Traylor, Jens Treutlein, Vassily Trubetskoy, André G. Uitterlinden, Daniel Umbricht, Sandra Van der Auwera, Albert M. van Hemert, Alexander Viktorin, Peter M. Visscher, Yunpeng Wang, Bradley T. Webb, Shantel Weinsheimer, Jürgen Wellmann, Gonneke Willemsen, Stephanie H. Witt, Yang Wu, Hualin Simon Xi, Jian Yang, Futao Zhang, Volker Arolt, Bernhard T. Baune, Klaus Peter Berger, Dorret I. Boomsma, Sven Cichon, Udo Dannlowski, Eco J. C. de Geus, J. Raymond DePaulo, Enrico Domenici, Katharina Domschke, Tõnu Esko, Hans J. Grabe, Steven P. Hamilton, Caroline Hayward, Andrew C. Heath, Kenneth S. Kendler, Stefan Kloiber, Glyn Lewis, Qingqin S. Li, Susanne Lucae, Pamela A. F. Madden, Patrik K. E. Magnusson, Nicholas G. Martin, Andres Metspalu, Ole Mors, Preben Bo Mortensen, Bertram Müller‐Myhsok, Merete Nordentoft, Markus M. Nöthen, Michael O‘Donovan, Sara A. Paciga, Nancy L. Pedersen, Brenda W.J.H. Penninx, Roy H. Perlis, David J. Porteous, James B. Potash, Martin Preisig, Marcella Rietschel, Catherine Schaefer, Thomas G. Schulze, Jordan W. Smoller, Henning Tiemeier, Rudolf Uher, Henry Völzke, Myrna M. Weissman, Thomas Werge, Cathryn M. Lewis, Douglas F. Levinson, Gerome Breen, Anders D. Børglum, Patrick F. Sullivan, Heather C. Whalley

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensDalhousie UniversityUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental HealthUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of Mental HealthBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilChina Scholarship CouncilLundbeckfondenUniversity of EdinburghAge UKWellcome TrustRoyal College of Physicians of EdinburghMedical Research CouncilDirectorate for Biological SciencesWellcomeSackler TrustNational Alliance for Research on Schizophrenia and Depression
Mots-clésBiobankPhenomePolygenic risk scoreMendelian inheritanceDepression (economics)MedicineAssociation (psychology)Genome-wide association studyBioinformaticsBiologyEnvironmental healthGeneticsSingle-nucleotide polymorphismPsychologyGenotypeGeneGenome

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Depression is a leading cause of worldwide disability but there remains considerable uncertainty regarding its neural and behavioural associations. Here, using non-overlapping Psychiatric Genomics Consortium (PGC) datasets as a reference, we estimate polygenic risk scores for depression (depression-PRS) in a discovery ( N = 10,674) and replication ( N = 11,214) imaging sample from UK Biobank. We report 77 traits that are significantly associated with depression-PRS, in both discovery and replication analyses. Mendelian Randomisation analysis supports a potential causal effect of liability to depression on brain white matter microstructure ( β : 0.125 to 0.868, p FDR < 0.043). Several behavioural traits are also associated with depression-PRS ( β : 0.014 to 0.180, p FDR : 0.049 to 1.28 × 10 −14 ) and we find a significant and positive interaction between depression-PRS and adverse environmental exposures on mental health outcomes. This study reveals replicable associations between depression-PRS and white matter microstructure. Our results indicate that white matter microstructure differences may be a causal consequence of liability to depression.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,360

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,282 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations125
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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