Genomic analyses for predicted milk fatty acid composition throughout lactation in North American Holstein cattle
Notice bibliographique
Résumé
Milk fat composition has important implications in the nutritional and processing properties of milk. Additionally, milk fat composition is associated with cow physiological and health status. The main objectives of this study were (1) to estimate genetic parameters for 5 milk fatty acid (FA) groups (i.e., short-chain, medium-chain, long-chain, saturated, and unsaturated) predicted from milk infrared spectra using a large data set; (2) to predict genomic breeding values using a longitudinal single-step genomic BLUP approach; and (3) to conduct a single-step GWAS aiming to identify genomic regions, candidate genes, and metabolic pathways associated with milk FA, and consequently, to understand the underlying biology of these traits. We used 629,769 test-day records of 201,465 first-parity Holstein cows from 6,105 herds. A total of 8,865 genotyped (Illumina BovineSNP50K BeadChip, Illumina, San Diego, CA) animals were considered for the genomic analyses. The average daily heritability ranged from 0.24 (unsaturated FA) to 0.47 (medium-chain and saturated FA). The reliability of the genomic breeding values ranged from 0.56 (long-chain fatty acid) to 0.74 (medium-chain fatty acid) when using the default τ and ω scaling parameters, whereas it ranged from 0.58 (long-chain fatty acid) to 0.73 (short-chain fatty acid) when using the optimal τ and ω values (i.e., τ = 1.5 and ω = 0.6), as defined in a previous study in the same population. Relevant chromosomal regions were identified in Bos taurus autosomes 5 and 14. The proportion of the variance explained by 20 adjacent single nucleotide polymorphisms ranged from 0.71% (saturated FA) to 15.12% (long-chain FA). Important candidate genes and pathways were also identified. In summary, our results contribute to a better understanding of the genetic architecture of predicted milk FA in dairy cattle and reinforce the relevance of using genomic information for genetic analyses of these traits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».