Multicenter Validation Study to Implement Plasma Epidermal Growth Factor Receptor T790M Testing in Clinical Laboratories
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: T790M mutations is an emerging alternative to tumor rebiopsy in acquired epidermal growth factor receptor (EGFR) tyrosine kinase inhibitor resistance. Validation of analytical sensitivity and clinical utility is required before routine diagnostic use in clinical laboratories. PATIENTS AND METHODS: -mutant lung cancer at 7 Canadian centers, who were being screened for the ASTRIS trial (ClinicalTrials.gov identifier: NCT02474355), participated in this companion study. Plasma T790M mutation was detected using droplet digital polymerase chain reaction, Cobas (Roche Diagnostics, Indianapolis, IN), or next-generation sequencing in 4 laboratories. T790M concordance was assessed between plasma and tumor samples. RESULTS: Assessment of T790M in tumor biopsy tissue was successful in 81% of patients; 49% had confirmed T790M results (tumor or plasma) for ASTRIS. Plasma testing in this companion study yielded T790M results in 97% of patients; 62% had T790M-positive results, 36% had negative results, and 2% had indeterminate results. Of 38 patients with negative or indeterminate biopsy results, 55% had positive plasma T790M results, increasing the proportion with T790M-positive results to 73%. Sensitivity of plasma T790M testing was 75%. Overall concordance between tissue and plasma was 64%, and concordance among laboratories was 90.3%. Response to osimertinib and duration of therapy were similar irrespective of testing method (overall response rate, 62.5% for tissue, 66.7% for plasma, and 70.6% for both). CONCLUSION: T790M testing can identify significantly more patients than biopsy alone who may benefit from targeted therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,080 | 0,065 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».