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Enregistrement W3027911235 · doi:10.1016/j.mrgentox.2020.503199

EURL ECVAM Genotoxicity and Carcinogenicity Database of Substances Eliciting Negative Results in the Ames Test: Construction of the Database

2020· review· en· W3027911235 sur OpenAlexaff
Federica Madia, David Kirkland, Takeshi Morita, Paul A. White, David Asturiol, Raffaella Corvi

Notice bibliographique

RevueMutation Research/Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis · 2020
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCarcinogens and Genotoxicity Assessment
Établissements canadiensHealth Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAmes testGenotoxicityDatabaseCarcinogenToxicologyComputational biologyComputer scienceChemistryBiologyGeneticsToxicityBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The bacterial reverse mutation test (Ames test) is the most commonly used genotoxicity test; it is a primary component of the chemical safety assessment data required by regulatory agencies worldwide. Within the current accepted in vitro genotoxicity test battery, it is considered capable of revealing DNA reactivity, and identifying substances that can produce gene mutations via different mechanisms. The previously published consolidated EURL ECVAM Genotoxicity and Carcinogenicity Database, which includes substances that elicited a positive response in the Ames test, constitutes a collection of data that serves as a reference for a number of regulatory activities in the area of genotoxicity testing. Consequently, we considered it important to expand the database to include substances that fail to elicit a positive response in the Ames test, i.e., Ames negative substances. Here, we describe a curated collection of 211 Ames negative substances, with a summary of complementary data available for other genotoxicity endpoints in vitro and in vivo, plus available carcinogenicity data. A descriptive analysis of the data is presented. This includes a representation of the chemical space formed by the Ames-negative database with respect to other substances (e.g. REACH registered substances, approved drugs, pesticides, etc.) and a description of the organic functional groups found in the database. We also provide some suggestions on further analyses that could be made.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,715
Score d'incertitude au seuil0,933

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,331
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations37
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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