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Enregistrement W3027966536 · doi:10.1101/2020.04.27.20081901

Enhanced Contact Investigations for Nine Early Travel-Related Cases of SARS-CoV-2 in the United States

2020· preprint· en· W3027966536 sur OpenAlexaff
Rachel M. Burke, Sharon Balter, Emily Barnes, Vaughn Barry, Karri Bartlett, Karlyn D. Beer, Isaac Benowitz, Holly M. Biggs, Hollianne Bruce, Jonathan Bryant-Genevier, Jordan Cates, Kevin Chatham‐Stephens, Nora Chea, Howard Chiou, Demian Christiansen, Victoria Chu, Shauna Clark, Sara H. Cody, Max Cohen, Erin E. Conners, Vishal Dasari, Patrick Dawson, Traci DeSalvo, Matthew Donahue, Alissa Dratch, Lindsey M. Duca, Jeffrey S. Duchin, Jonathan Dyal, Leora R. Feldstein, Marty Fenstersheib, Marc Fischer, Rebecca Fisher, Chelsea Foo, Brandi Freeman-Ponder, Alicia M. Fry, Jessica Gant, Romesh Gautom, Isaac Ghinai, Prabhu Gounder, Cheri Grigg, Jeffrey D. Gunzenhauser, Aron J. Hall, George S. Han, Thomas Haupt, Michelle Holshue, Jennifer C. Hunter, Mireille Ibrahim, Max W. Jacobs, M. Claire Jarashow, Kiran Joshi, Talar Kamali, Vance Kawakami, Moon Kim, Hannah L. Kirking, Amanda Kita-Yarbro, Rachel Klos, Miwako Kobayashi, Anna Kocharian, Misty Lang, Jennifer E. Layden, Eva Leidman, Scott Lindquist, Stephen Lindstrom, Ruth Link‐Gelles, Mariel Marlow, Claire P. Mattison, Nancy McClung, Tristan D. McPherson, Lynn Mello, Claire M. Midgley, Shannon Novosad, Megan T. Patel, Kristen Pettrone, Satish K. Pillai, Ian W. Pray, Heather E. Reese, Heather Rhodes, Susan Robinson, Melissa A. Rolfes, Janell Routh, Rachel Rubin, Sarah L. Rudman, Denny Russell, Sarah Scott, Varun Shetty, Sarah E. Smith-Jeffcoat, Elizabeth Soda, Chris Spitters, Bryan Stierman, Rebecca Sunenshine, Dawn Terashita, Elizabeth Traub, Grace E. Vahey, Jennifer R. Verani, Megan Wallace, Matthew Westercamp, Jonathan M. Wortham, Amy Xie, Anna R. Yousaf, Matthew Zahn

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMathematics
ThématiqueCOVID-19 epidemiological studies
Établissements canadiensResponse Biomedical (Canada)
Organismes subventionnairesCenters for Disease Control and Prevention
Mots-clésContact tracingCoronavirus disease 2019 (COVID-19)MedicineSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)PandemicIsolation (microbiology)Transmission (telecommunications)Disease controlEnvironmental healthCoronavirusDiseaseEmergency medicineInternal medicineInfectious disease (medical specialty)Biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Background Coronavirus disease 2019 (COVID-19), the respiratory disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), was first identified in Wuhan, China and has since become pandemic. As part of initial response activities in the United States, enhanced contact investigations were conducted to enable early identification and isolation of additional cases and to learn more about risk factors for transmission. Methods Close contacts of nine early travel-related cases in the United States were identified. Close contacts meeting criteria for active monitoring were followed, and selected individuals were targeted for collection of additional exposure details and respiratory samples. Respiratory samples were tested for SARS-CoV-2 by real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) at the Centers for Disease Control and Prevention. Results There were 404 close contacts who underwent active monitoring in the response jurisdictions; 338 had at least basic exposure data, of whom 159 had ≥1 set of respiratory samples collected and tested. Across all known close contacts under monitoring, two additional cases were identified; both secondary cases were in spouses of travel-associated case patients. The secondary attack rate among household members, all of whom had ≥1 respiratory sample tested, was 13% (95% CI: 4 – 38%). Conclusions The enhanced contact tracing investigations undertaken around nine early travel-related cases of COVID-19 in the United States identified two cases of secondary transmission, both spouses. Rapid detection and isolation of the travel-associated case patients, enabled by public awareness of COVID-19 among travelers from China, may have mitigated transmission risk among close contacts of these cases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,027
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,498
Score d'incertitude au seuil0,981

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,027
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,376
Tête enseignante GPT0,434
Écart entre enseignants0,059 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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