Sporadic Oncocytic Tumors with Features Intermediate between Oncocytoma and Chromophobe Renal Cell Carcinoma: Comprehensive Clinico-Pathological and Genomic Profiling
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Morphology, clinical behavior, and genomic profiles of renal oncocytoma (RO) and its malignant counterpart chromophobe renal cell carcinoma (ChRCC) are distinctly different. However, there is a substantial group of sporadic oncocytic tumors with peculiar hybrid phenotypes as well as a perplexing degree of morphologic and immunohistochemical overlap between classic RO and ChRCC with eosinophilic cytoplasm. The aim of this study is to provide detailed characterization of these hybrid tumors. Design Thirty eight sporadic oncocytic neoplasms with ambiguous morphology from two institutions were reviewed by 4 pathologists. CKIT positivity was used as a selection criterion. We correlated CK7 and S100A1 immunostaining and detailed morphologic features with cytogenetic profiles. DNA from the FFPE tissues was extracted and analyzed using Cytogenomic Microarray Analysis (CMA) to evaluate copy number alterations and ploidy. Results CMA categorized cases into 3 groups: RO (N=21), RO variant (N=7) and ChRCC (N=10). Cytogenetic RO had either no CNA (48%) or loss of chromosome 1p, X or Y (52%). RO-variant had additional chromosomal losses [-9q, –14 (n=2), –13] and chromosomal gains [+1q (n=2), +4, +7 (n=2), +13, +19, +20, and +22]. ChRCC were either hypodiploid with numerous monosomies (40%) or hypotetraploid with multiple relative losses (60%). RO, RO-variant and ChRCC groups differed significantly in tumor architecture (p<0.01), stroma (p=0.013), presence of nuclear wrinkling, perinuclear halos and well-defined cell borders in >5% cells (p<0.01), focal cell clearing (p=0.048) and CK7 expression (p<0.02). Pathologic prediction of cytogenetic subtype using only two categories (benign RO or malignant ChRCC) would overcall or undercall up to 40% of tumors that were ChRCC based on cytogenetics. This finding provides the rationale for an intermediate diagnostic category of so-called hybrid tumors (HOCT). HOCT was a heterogeneous group enriched for cytogenetic RO-variant. Other HOCTs have a profile of either RO or ChRCC. Conclusions Genomic profile allows classification of oncocytic tumors with ambiguous morphology into RO, RO-variant and ChRCC. Several architectural and cytologic features combined with CK7 expression are significantly associated with cytogenetic RO, RO-variant or ChRCC tumors. Doubled hypodiploidy by whole genome endoduplication is a common phenomenon in eosinophilic ChRCC. Parts of this study were presented in an abstract form at the 104 th annual meeting of the United Stated and Canadian Academy of Pathology, Boston, March 21–27, 2015
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».