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Enregistrement W3029637856 · doi:10.1002/9780470015902.a0028996

Genome Evolution in Amphibians

2020· other· en· W3029637856 sur OpenAlexaff
John H. Herrick, Bianca Sclavi

Notice bibliographique

RevueEncyclopedia of Life Sciences · 2020
Typeother
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyGenome sizeGenomeEvolutionary biologyGenome evolutionEukaryoteGeneticsVertebrateMitochondrial DNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Genome size variation in vertebrates reflects an amazing amount of genetic and genomic diversity. C‐value (genome size) ranges from 0.4 picograms (pg) in pufferfish to 133 pg in the marbled lungfish. Most vertebrate lineages have characteristic average C‐values with restricted ranges. Amphibia, in contrast, represent an extreme: C‐values in salamanders range from around 13 to over 122 pg; in frogs, they range from under 1 to over 13 pg. Why would closely related lineages and species have such dramatic differences in C‐value? A number of theories have been proposed to account for the extreme range in genome size found in all eukaryote taxa. The amphibia not only have a wide range of C‐values, but they also have a correspondingly wide range of life history traits and other phenotypes such as neoteny and limb regeneration. This remarkable class of vertebrate thus provides a unique model system for addressing evolutionary and physiological hypotheses. Key Concepts Junk DNA (retroviruses and DNA transposons) infected the ancestral eukaryote cell and established, together with mitochondria, a symbiotic relationship from which all other eukaryotic life forms emerged. The host response to the original infection was adaptive rather than purifyingly selective: junk DNA provided the conditions for the emergence of a checkpoint guardian of the genome and correspondingly enhanced genome stability. As genome size expanded, DNA repair systems increased in efficiency, allowing for the acquisition of new genes and new adaptations. DNA replication programs and gene transcription programs reorganised as genome size either increased or decreased over evolutionary time. Species richness negatively correlates with genome stability and positively correlates with karyotype diversity within specific lineages. DNA damage response and repair (DDR) programs have evolved differentially in r and K‐strategists: large body organisms have enhanced DDRs compared to small body, short‐lived organisms, and hence they tend to have more deterministic and organised replication programs. Junk DNA serves as a substrate for the DDR to protect the cell against ‘mitotic catastrophe’. Junk DNA serves as a scaffold for the formation of facultative heterochromatin during development and speciation,and hence participates in the global tissue‐specific and species‐dependent transcription programs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,203 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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