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Enregistrement W3029898558 · doi:10.1101/2020.05.28.120915

The Axenfeld-Rieger syndrome gene <i>FOXC1</i> contributes to left-right patterning

2020· preprint· en· W3029898558 sur OpenAlexafffund
Paul Chrystal, Curtis R. French, Francesca Jean, Serhiy Havrylov, Suey van Baarle, Ann-Marie Peturson, Pengfei Xu, J. Gage Crump, David B. Pilgrim, Ordan J. Lehmann, Andrew J. Waskiewicz

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensMemorial University of NewfoundlandWomen and Children’s Health Research InstituteUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthUniversity of AlbertaWomen and Children's Health Research InstituteChildren's Health Research InstituteHeart and Stroke Foundation of Canada
Mots-clésZebrafishLateral plate mesodermPITX2BiologyPenetranceNODALGeneticsAnatomySOX9MesodermTranscription factorPhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Normal body situs requires precise spatiotemporal expression of the Nodal-Lefty-Pitx2 cascade in the lateral plate mesoderm. The ultimate output of this patterning is establishment of the left-right axis, which provides vital cues for correct organ formation and function. Mutations, deletions and duplications in PITX2 and FOXC1 lead to the rare genetic disease Axenfeld-Rieger syndrome (ARS). While situs defects are not a recognised feature of ARS, partial penetrance of cardiac septal defects and valve incompetence is observed; both of these congenital heart defects (CHDs) also occur following disruption of left-right patterning. Here we investigated whether foxc1 genes have a critical role in specifying organ situs. We demonstrate that CRISPR/Cas9 generated mutants for the zebrafish paralogs foxc1a and foxc1b recapitulate ARS phenotypes including craniofacial dysmorphism, hydrocephalus and intracranial haemorrhage. Furthermore, foxc1a -/- ; foxc1b -/- mutant animals display cardiac and gut situs defects. Modelling FOXC1 duplication by transient mRNA overexpression revealed that increased foxc1 dosage also results in organ situs defects. Analysis of known left-right patterning genes revealed a loss in expression of the NODAL antagonist lefty2 in the lateral plate mesoderm. Consistently, LEFTY2 mutations are known to cause human cardiac situs defects. Our data reveal a novel role for the forkhead-box transcription factor foxc1 in patterning of the left-right axis, and provide a plausible mechanism for the incidence of congenital heart defects in Axenfeld-Rieger syndrome patients. Author Summary This manuscript investigates the functional consequences of abrogating the activity of Foxc1 (Forkhead Box C1). We demonstrate that loss of zebrafish foxc1a and foxc1b results in phenotypes that resemble human patients with deletions in the FOXC1 locus. Notably, such phenotypes include alterations to the morphology of the heart. Investigations into the mechanisms underlying this phenotype led to the discovery that Foxc1 functions as a regulator of left-right patterning. Most components of left-right specification function normally in foxc1a/b mutants, but there is a pronounced loss of lefty2 , a known inhibitor of Nodal signaling. This supports a model in which Foxc1 regulates situs of the heart via the regulation of Lefty2.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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