Diat.barcode, an open-access barcode library for diatoms
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Diatoms (Bacillariophyta) are ubiquitous microalgae which produce a siliceous exoskeleton and which make a major contribution to the productivity of oceans and freshwaters. They display a huge diversity, which makes them excellent ecological indicators of aquatic ecosystems, and can also be used to reconstruct paleoenvironments. Usually, diatoms are identified using characteristics of their exoskeleton morphology, which can be time consuming and error-prone. DNA-barcoding is an alternative to this and the use of High-Throughput-Sequencing enables the rapid analysis of many environmental samples at a lower cost than if specialist analysts are used. However, to identify environmental sequences correctly, an expertly curated reference library is needed. Several curated libraries for protists exists; none, however, are dedicated to diatoms. Diat.barcode is an open-access library dedicated to diatoms which has been maintained since 2012. It was initiated with the barcoding network of INRA (French National Institute for Agricultural Research) R-Syst, is now an international initiative partly supported by a Cost network (DNAqua-net). Data come from two sources (1) the NCBI nucleotide database (National Center for Biotechnology Information) and (2) unpublished sequencing data of culture collections in France, UK and Russia. Since 2017, several European experts have collaborated to curate this library for rbcL, a chloroplast marker suitable for species-level identification of diatoms. For the latests versions of the database, more than 8100 curated barcodes are available. The database is accessible through https://eng-carrtel-collection.hub.inrae.fr/barcoding-databases. A ready-to-use subset of the database for metabarcoding analyses is also accessible.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,022 | 0,036 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle