DNA binding reorganizes the intrinsically disordered C-terminal region of PSC in <i>Drosophila</i> PRC1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Polycomb Group (PcG) proteins regulate gene expression by modifying chromatin. A key PcG complex, Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1), has two activities: a ubiquitin ligase activity for histone H2A, and a chromatin compacting activity. In Drosophila , the Posterior Sex Combs (PSC) subunit of PRC1 is central to both activities. The N-terminal homology region (HR) of PSC assembles into PRC1, including partnering with dRING to form the ubiquitin ligase for H2A. The intrinsically disordered C-terminal region of PSC (PSC-CTR) compacts chromatin, and inhibits chromatin remodeling and transcription in vitro . Both the PSC-HR and the PSC-CTR are essential in vivo . To understand how these two activities may be coordinated in PRC1, we used cross-linking mass spectrometry (XL-MS) to analyze the conformations of the PSC-CTR in PRC1 and how they change on binding DNA. XL-MS identifies interactions between the PSC-CTR and the core of PRC1, including between the PSC-CTR and PSC-HR. New contacts and overall more compacted PSC-CTR conformations are induced by DNA binding. Protein footprinting of accessible lysine residues in the PSC-CTR reveals an extended, bipartite candidate DNA/chromatin binding surface. Our data suggest a model in which DNA (or chromatin) follows a long path on the flexible PSC-CTR. Intramolecular interactions of the PSC-CTR detected by XL-MS can bring the high affinity DNA/chromatin binding region close to the core of PRC1 without disrupting the interface between the ubiquitin ligase and the nucleosome. Our approach may be applicable to understanding the global organization of other large IDRs that bind nucleic acids. Highlights An intrinsically disordered region (IDR) in Polycomb protein PSC compacts chromatin Cross-linking mass spectrometry (XL-MS) was used to analyze topology of the PSC IDR Protein footprinting suggests a bipartite DNA binding surface in the PSC IDR A model for the DNA-driven organization of the PSC IDR Combining XL-MS and protein footprinting is a strategy to understand nucleic acid binding IDRs Abstract Figure
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».