Molecular Genetic Features of Primary Nonurachal Enteric-type Adenocarcinoma, Urachal Adenocarcinoma, Mucinous Adenocarcinoma, and Intestinal Metaplasia/Adenoma: Review of the Literature and Next-generation Sequencing Study
Notice bibliographique
Résumé
The diagnosis of primary adenocarcinoma of the urinary bladder may be challenging in routine practice. These tumors may morphologically and immunohistochemically overlap with urachal adenocarcinoma and colorectal adenocarcinoma. Further, their genetic background is poorly understood. We systematically searched the PubMed database for results of complex genetic evaluation of primary bladder adenocarcinoma subtypes. Subsequently, we designed our own series of bladder lesions. We evaluated 36 cases: 16 primary enteric-type adenocarcinomas, 7 urachal enteric adenocarcinomas, 3 primary mucinous/colloid adenocarcinomas, and 10 intestinal-type metaplasia/villous adenoma. Detailed clinical data were collected, and all cases were examined using targeted next-generation sequencing. On the basis of the literature, the first mutated gene in these tumors was reported to be KRAS in 11.3% of cases, followed by TERT promoter mutations in 28.5%. In addition to KRAS and TERT, other genes were also found to be frequently mutated in primary bladder adenocarcinoma, including TP53, PIK3CA, CTNNB1, APC, FBXW7, IDH2, and RB1. In our series, the most frequent gene mutations in primary enteric-type adenocarcinomas were as follows: TP53 (56%); BRCA2, KMT2B (both 33%); NOTCH2, KDR, ARID1B, POLE, PTEN, KRAS (all 28%); in urachal enteric adenocarcinoma they were as follows: TP53 (86%); PTEN, NOTCH (both 43%); in primary mucinous/colloid adenocarcinomas they were as follows: KRAS, GRIN2A, AURKB (all 67%); and, in intestinal-type metaplasia/villous adenoma, they were as follows: APC, PRKDC (both 60%); ROS1, ATM, KMT2D (all 50%). No specific mutational pattern was identified using cluster analysis for any of the groups. Herein, we describe the pathologic features and immunohistochemical staining patterns traditionally used in the differential diagnoses of glandular lesions of the bladder in routine surgical pathology. We outline the mutational landscape of these lesions as an aggregate of published data with additional data from our cohort. Although diagnostically not discriminatory, we document that the most common genetic alterations shared between these glandular neoplasms include TP53, APC (in the Wnt pathway), and KRAS (in the MAPK pathway) mutations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».