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Enregistrement W3034412186 · doi:10.1002/pro.3898

The long form of <scp>pVHL</scp> is artifactually modified by serine protease inhibitor <scp>AEBSF</scp>

2020· article· en· W3034412186 sur OpenAlexafffund
Daniel Tarade, Shelley He, Jonathan St‐Germain, Avi Petroff, Anya Murphy, Brian Raught, Michael Ohh

Notice bibliographique

RevueProtein Science · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer, Hypoxia, and Metabolism
Établissements canadiensPrincess Margaret Cancer CentreUniversity Health NetworkUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of Toronto
Mots-clésSerine proteaseGene isoformChemistryProteaseSerineProtease inhibitor (pharmacology)BiochemistryAlternative splicingMolecular biologyCell biologyBiologyEnzymeGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract von Hippel–Lindau protein (pVHL) is the tumor suppressor responsible for ubiquitylating the hypoxia‐inducible factor (HIF) family of transcription factors for degradation under normoxic conditions. There are two major pVHL isoforms with the shorter isoform (pVHL 19 ) lacking the acidic domain present in the N‐terminus of the longer isoform (pVHL 30 ). Although both isoforms can degrade HIF and suppress tumor formation in experimental systems, previous research suggests that pVHL 30 can undergo posttranslational modifications (PTM) and interact with unique proteins. Indeed, pVHL 30 has long been observed to migrate as two species on a reducing polyacrylamide gel, indicating the presence of an uncharacterized PTM on the slower‐migrating pVHL 30 without an identifiable biological consequence. Thus, there has been considerable effort to elucidate the exclusive biological activity of pVHL 30 , if any, by first defining the unique features of the slower‐migrating species. We show here that the migration of pVHL 30 , but not pVHL 19 , is retarded by 4‐(2‐aminoethyl)benzenesulfonyl fluoride hydrochloride (AEBSF), an irreversible serine protease inhibitor commonly found in protease inhibitor cocktails.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,151
Score d'incertitude au seuil0,789

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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