Red and White Chinook Salmon (Oncorhynchus tshawytscha): Differences in the Transcriptome Profile of Muscle, Liver, and Pylorus
Notice bibliographique
Résumé
Astaxanthin (Ax), the main carotenoid responsible for the distinct red flesh color in salmonids (Oncorhynchus, Salvelinus, Salmo, and Parahucho), is added to the diet of farmed fish at a substantial cost. Despite the great economical value for the salmon industry, the key molecular mechanisms involved in the regulation of muscle coloration are poorly understood. Chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) represent an ideal model to study flesh coloration because they exhibit a distinct color polymorphism responsible for two color morphs, white and red flesh pigmented fish. This study was designed to identify the molecular basis for the development of red and white coloration of fish reared under the same experimental conditions and to better understand the absorption mechanism of Ax in salmonids. Pyloric caeca, liver, and muscle of both groups (n = 6 each) were selected as the most likely critical target organs to be involved respectively in the intestinal uptake, metabolism, and retention of Ax. Difference in the transcriptome profile of each tissue using next-generation sequencing technology was conducted. Ten KEGG pathways were significantly enriched for differentially expressed genes between red and white salmon pylorus tissue, while none for the transcriptome profile in the other two tissues. Differential expressed gene (DE) analyses showed that there were relatively few differences in muscle (31 DE genes, p < 0.05) and liver (43 DE genes, p < 0.05) of white and red Chinook salmon compared approximately 1125 DE genes characterized in the pylorus tissue, with several linked to Ax binding ability, absorption, and metabolism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».