The Genome Sequence of the Jean-Talon Strain, an Archeological Beer Yeast from Québec, Reveals Traces of Adaptation to Specific Brewing Conditions
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The genome sequences of archeological Saccharomyces cerevisiae isolates can reveal insights about the history of human baking, brewing and winemaking activities. A yeast strain called Jean-Talon was recently isolated from the vaults of the Intendant’s Palace of Nouvelle France on a historical site in Québec City. This site was occupied by breweries from the end of the 17th century until the middle of the 20th century when poisoning caused by cobalt added to the beer led to a shutdown of brewing activities. We sequenced the genome of the Jean-Talon strain and reanalyzed the genomes of hundreds of strains to determine how it relates to other domesticated and wild strains. The Jean-Talon strain is most closely related to industrial beer strains from the beer and bakery genetic groups from the United Kingdom and Belgium. It has numerous aneuploidies and Copy Number Variants (CNVs), including the main gene conferring cobalt resistance in yeast. The Jean-Talon strain has indeed higher tolerance to cobalt compared to other yeast strains, consistent with adaptation to the most recent brewing activities on the site. We conclude from this that the Jean-Talon strain most likely derives from recent brewing activities and not from the original breweries of Nouvelle France on the site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».