Genome-Wide Identification and Bioinformatics Analysis of HvBZR Gene Family in Barley
Notice bibliographique
Résumé
BZR (Brassinazole resistant transcription factor) gene family is one specific transcription factor in plant and a critical factor in BRs(Brassinosteroid) transduction pathway, which play a vital regulational role in growth and development, phytohormone signal transduction and responding to abiotic stress. In this study, we conduct the identification of HvBZR gene family in barley by informatics analysis, and accomplished systemic analysis of HvBZR gene family with regard to gene structure, chromosome location, phylogenetic evolution, physicolchemical characteristic, protein conserve motif and transcriptome data analysis and so on. The result of genome wide identification reveals that HvBZR gene family consisted of seven members, which is unevenly distributed in the different chromosomes; the result of gene structure analysis reflects that the length of gene and numbers of introns varied obliviously among the HvBZR gene family members; the protein sequence analysis of physicolchemical characteristic, secondary structure and three dimensional structure reflect that they possessed the similarity; the subcellular location of HvBZRs is distributed in nucleus; the conserved motif analysis of HvBZRs reveals that all HvBZRs contain (pf8657) conserved domain and partial members harboured another domain(pf01373); phylogenetic evolution analysis demonstrated the relationship is closer between the barley and the rice; a lot of cis-element is distributed in the putative promoter region, which is related to growth and development and hormone signal transduction and abiotic stress resoponsiveness based on the analysis of the putative promoter sequence; the expression profiles is distrinct obviously in different tissue and organ during the different development stage based on the transcriptome data. In this research, we conducted the systemic and detailed analysis of HvBZR gene family, in order to providing some theoretical basis for the analysis of the biological function of BZR transcription factors in barley.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».