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Enregistrement W3041397815 · doi:10.1101/2020.07.07.192294

Metabolic fate of human immunoactive sterols in <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

2020· preprint· en· W3041397815 sur OpenAlexaff
Tatsiana Varaksa, Sergey Bukhdruker, Irina Grabovec, Egor Marin, Anton Kavaleuski, Anastasiia Gusach, Kirill Kovalev, Ivan Maslov, Aleksandra Luginina, Dmitry Zabelskiy, Roman Astashkin, M.B. Shevtsov, Sviatlana Smolskaya, Anna Kavaleuskaya, Polina Shabunya, Alexander V. Baranovsky, В. И. Долгопалец, Yury Charnou, А. P. Savachka, R. P. Litvinovskaya, Alakseij Hurski, Evgeny Shevchenko, Andrey Rogachev, Alexey Mishin, Valentin Gordeliy, Andrei Gabrielian, Darrell E. Hurt, B. V. Nikonenko, Konstantin B. Majorov, Alexander Apt, Alex Rosenthal, А. А. Гилеп, Valentin Borshchevskiy, Natallia Strushkevich

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCholesterol and Lipid Metabolism
Établissements canadiensHyperion Technologies (Canada)
Organismes subventionnairesUniversität des SaarlandesNational Institutes of HealthOffice of International Science and EngineeringRussian Foundation for Basic ResearchEuropean Synchrotron Radiation FacilityNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesBelarusian Republican Foundation for Fundamental Research
Mots-clésOxysterolMycobacterium tuberculosisImmune systemInnate immune systemBiologyImmunityEnzymeDrug discoveryCatabolismAcquired immune systemTuberculosisBiochemistryMicrobiologyImmunologyCholesterolMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Mycobacterium tuberculosis (Mtb) infection is among top ten causes of death worldwide, and the number of drug-resistant strains is increasing. The direct interception of human immune signaling molecules by Mtb remains elusive, limiting drug discovery. Oxysterols and secosteroids regulate both innate and adaptive immune responses. Here we report a functional, structural, and bioinformatics study of Mtb enzymes initiating cholesterol catabolism and demonstrated their interrelation with human immunity. We show that these enzymes metabolize human immune oxysterol messengers. Rv2266 – the most potent among them – can also metabolize vitamin D3 (VD3) derivatives. High-resolution structures show common patterns of sterols binding and reveal a site for oxidative attack during catalysis. Finally, we designed a compound that binds and inhibits three studied proteins. The compound shows activity against Mtb H37Rv residing in macrophages. Our findings contribute to molecular understanding of suppression of immunity and suggest that Mtb has its own transformation system resembling the human phase I drug-metabolizing system.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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