A Long Non-coding RNA, LOC157273, Is an Effector Transcript at the Chromosome 8p23.1-PPP1R3B Metabolic Traits and Type 2 Diabetes Risk Locus
Notice bibliographique
Résumé
Aims: Causal transcripts at genomic loci associated with type 2 diabetes are mostly unknown. The chr8p23.1 variant rs4841132, associated with an insulin resistant diabetes risk phenotype, lies in the second exon of a long non-coding RNA (lncRNA) gene, LOC157273, located 175 kilobases from PPP1R3B, which encodes a key protein regulating insulin-mediated hepatic glycogen storage in humans. We hypothesized that LOC157273 regulates expression of PPP1R3B in human hepatocytes. Methods: We tested our hypothesis using Stellaris fluorescent in-situ hybridization to assess subcellular localization of LOC157273; siRNA knockdown of LOC157273, followed by RT-PCR to quantify LOC157273 and PPP1R3B expression; RNA-seq to quantify the whole-transcriptome gene expression response to LOC157273 knockdown and an insulin-stimulated assay to measure hepatocyte glycogen deposition before and after knockdown. Results: We found that siRNA knockdown decreased LOC157273 transcript levels by approximately 80%, increased PPP1R3B mRNA levels by 1.7-fold and increased glycogen deposition by >50% in primary human hepatocytes. An A/G heterozygous carrier (vs. three G/G carriers) had reduced LOC157273 abundance due to reduced transcription of the A allele and increased PPP1R3B expression and glycogen deposition. Conclusion: We show that the lncRNA LOC157273 is a negative regulator of PPP1R3B expression and glycogen deposition in human hepatocytes and the causal transcript at an insulin resistant type 2 diabetes risk locus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».