Development of a Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay as an Early-Warning Tool for Detecting Emerald Ash Borer (Coleoptera: Buprestidae) Incursions
Notice bibliographique
Résumé
The emerald ash borer (EAB), Agrilus planipennis (Fairmaire), is the most destructive invasive insect species of ash (Fraxinus spp.) in North America. An accurate method for early detection of this noxious insect pest is indispensable to providing adequate warning of A. planipennis infestation. A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay (EAB-LAMP) was developed based on mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene. The EAB-LAMP required only 30 min at 65°C to amplify A. planipennis DNA from specimens collected from geographically distinct locations. There was no cross-reactivity with other Agrilus and insect species. The developed EAB-LAMP differentially detected traces of A. planipennis genome (COI) within frass from various Fraxinus species. EAB-LAMP was also able to distinguish among A. planipennis DNA and other Agrilus species and nontarget insect species in trap captures. By detecting A. planipennis DNA in two additional trap captures (in situ), the EAB-LAMP was more sensitive and reliable than visual inspection. We tested the quantitative nature of the assay by evaluating pooled trap samples and demonstrated that the EAB-LAMP was capable of functioning optimally using a pool size of at least five individual trap samples. This potentially circumvents the need to perform large-scale individual analysis for processing trap samples. Considering its performance, specificity, sensitivity, and repeatability, the developed EAB-LAMP could be a valuable tool to support strategy and operation of large-scale surveillance for A. planipennis and could profitably be used in routine monitoring programs for effective management of A. planipennis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».