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Enregistrement W3044962570 · doi:10.5197/j.2044-0588.2020.042.002

First record of <i>Septoria rudbeckiae</i> on <i>Rudbeckia</i> in the United Kingdom

2020· article· en· W3044962570 sur OpenAlexaboutno aff
Fay Newbery, R.J. Robinson, E. Beal, J. Scrace

Notice bibliographique

RevueNew Disease Reports · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPycnidiumBiologySpotsBotanyConidiumPotato dextrose agarSeptoriaLeaf spotWiltingHorticultureBlack spotAgar

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Species of Rudbeckia, often known as black-eyed Susan or coneflower, are used as bedding plants in UK gardens. The large, daisy-like flowerheads typically have bright yellow petals and a conspicuous black centre which may be raised into a cone shape. During the summer of 2016, Rudbeckia fulgida var. sullivantii cv. Goldsturm plants, purchased in the preceding May from a nursery in south-east England, were observed with black leaf spots in outdoor beds at the Royal Horticultural Society (RHS) Garden Wisley. Lower leaves exhibited small black lesions in July, which coalesced as the season progressed leading to complete necrosis of the bottom leaves and spotting on higher leaves. Spots showed no halos and became necrotic only later in the season. Flowering did not appear to be reduced. Pycnidia within the leaf spots were epiphyllous, 50-75 μm diameter, with a neck protruding slightly above the leaf surface. Conidia were filiform, 30-60 times 1.5-2 μm, with three septa. A single-spore isolate was obtained on water agar and cultured on potato dextrose agar. Living cultures were deposited in the RHS culture collection held at RHS Garden Wisley (Accession No. RHS454672) and at Westerdijk Fungal Biodiversity Institute, Netherlands (Accession No. CBS145765). The internal transcribed spacer (ITS) region of rDNA, the β-tubulin (Btub) gene and the translation elongation factor 1-alpha (EF1) gene were amplified using the primers ITS4:ITS5, T1:B-Sandy-R, and EF1-728F:EF2, respectively, according to the method by Verkley et al. (5). The DNA amplicons were sequenced (GenBank Accession Nos. MN093336 (ITS), MN105980 (Btub) and MN166626 (EF1)). The ITS sequence differed by one base pair from the only ITS sequence available for Septoria rudbeckiae (JQ677043). No previous sequences were available for comparison for Btub and EF1 and none of the available sequences had more than 90% identity. Pathogenicity was confirmed by spraying Rudbeckia fulgida sullivantii ‘Goldsturm’ plants with a conidial suspension (1 × 106 conidia/ml) prepared from spores from 21-day-old cultures on potato dextrose agar, incubated at 20°C with a 12 hr light/ 12 hr dark cycle. Plants were kept in high humidity for 72 hr after inoculation. After four weeks, black lesions were observed on leaves. Pycnidia and conidia consistent with S. rudbeckiae were found within each lesion. Control plants sprayed with sterilised water showed no symptoms. Septoria rudbeckiae was described from the USA (Ellis & Halsted, 1) where it is now widespread causing disfigurement of Rudbeckia in gardens. Although the fungus has been recorded from a number of different Rudbeckia species, Rudbeckia fulgida var. sullivanti cv. Goldstrum has been recognised in the USA as one of the most susceptible cultivars. Septoria rudbeckiae has also been reported from Canada, Bulgaria and Romania (Farr & Rossman, 2), Turkey (as Septoria sp.; Gumrukcu, 3) and Korea (Park, 4). To our knowledge, this is the first report of S. rudbeckiae in the United Kingdom. The authors would like to thank Jane Renshaw for aid in preparation of fungal cultures.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,037
Score d'incertitude au seuil0,074

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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