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Perspectives on ENCODE
Federico Abascal, Reyes Acosta, Nicholas J. Addleman, Jessika Adrian, Veena Afzal, Bronwen Aken, Rizi Ai, Jennifer A. Akiyama, Omar Al Jammal, Henry Amrhein, Stacie M. Anderson, Gregory R. Andrews, Igor Antoshechkin, Kristin Ardlie, Joel Armstrong, Matthew Astley, Budhaditya Banerjee, Amira Barkal, If H. A. Barnes, Iros Barozzi, Daniel Barrell, Gemma Barson, Daniel J. Bates, Ulugbek K. Baymuradov, Cassandra Bazile, M Beer, Samantha Beik, M. A. Bender, Ruth Bennett, Louis Philip Benoit Bouvrette, B Bernstein, Andrew Berry, Anand Bhaskar, Alexandra Bignell, Steven M. Blue, David M. Bodine, Carles A. Boix, Nathan Boley, Tyler Borrman, Beatrice Borsari, Alan P. Boyle, Laurel A. Brandsmeier, Alessandra Breschi, Emery H. Bresnick, Jason A. Brooks, Michael Buckley, Christopher B. Burge, Rachel Byron, Eileen Cahill, Lingling Cai, Lulu Cao, Mark Carty, Rosa Castanon, Andrés Castillo, Hassan Chaı̈b, Esther T. Chan, Daniel R. Chee, Sora Chee, Hao Chen, Huaming Chen, Jiayu Chen, Songjie Chen, J. Michael Cherry, Surya B. Chhetri, Jyoti S. Choudhary, Jacqueline Chrast, Dongjun Chung, Declan Clarke, Neal Cody, Candice J. Coppola, Julie Coursen, Anthony D’Ippolito, Stephen Dalton, Cassidy Danyko, Claire Davidson, José Dávila-Velderrain, Carrie Davis, Job Dekker, Alden Deran, Gilberto DeSalvo, Gloria Despacio-Reyes, Colin N. Dewey, Diane E. Dickel, Morgan Diegel, Mark Diekhans, Vishnu Dileep, Bo Ding, Sarah Djebali, Alexander Dobin, Daniel Domı́nguez, Sarah Donaldson, Jörg Drenkow, Timothy R. Dreszer, Yotam Drier, Michael O. Duff, Douglass Dunn, Catharine Eastman, Joseph R. Ecker, Matthew D. Edwards, Nicole El-Ali, Shaimae I. Elhajjajy, Keri Elkins, Andrew Emili, Charles B. Epstein, Rachel C. Evans, Iakes Ezkurdia, Kaili Fan, Peggy Farnham, Nina Farrell, Elise A. Feingold, Anne-Maud Ferreira, Katherine Fisher-Aylor, Stephen Fitzgerald, Paul Flicek, Chuan-Sheng Foo, Kevin Fortier, Adam Frankish, Peter Freese, Shaliu Fu, Xiang‐Dong Fu, Yu Fu, Y. Fukuda, Mariateresa Fulciniti, Alister P. W. Funnell, Idan Gabdank, Timur R. Galeev, Mingshi Gao, Carlos García Girón, Tyler H. Garvin, Chelsea Gelboin-Burkhart, Grigorios Georgolopoulos, Mark Gerstein, Belinda Giardine, David K. Gifford, David M. Gilbert, Daniel A. Gilchrist, Shawn Gillespie, T Gingeras, Peng Gong, Álvaro González, José M. González, Peter J. Good, Alon Goren, David U. Gorkin, Brenton R. Graveley, Michael Gray, Jack Greenblatt, Ed Griffiths, Mark Groudine, Fabian Grubert, Mengting Gu, Roderic Guigó, Hongbo Guo, Yuming Guo, Yuchun Guo, Gamze Gürsoy, María Gutiérrez‐Arcelus, Jessica Halow, Ross C. Hardison, Matthew P. Hardy, Manoj Hariharan, Arif Harmanci, Anne Harrington, Jennifer Harrow, Tatsunori Hashimoto, Richard Hasz, Meital Hatan, Eric Haugen, James E. Hayes, Peng He, Yupeng He, Nastaran Heidari, David G. Hendrickson, Elisabeth F. Heuston, Jason A. Hilton, Benjamin C. Hitz, Abigail Hochman, Cory Holgren, Lei Hou, Shuyu Hou, Yun-Hua Esther Hsiao, Shanna Hsu, Hui Huang, Tim Hubbard, Jack Huey, Timothy R. Hughes, Toby Hunt, Sean Ibarrientos, Robbyn Issner, Mineo Iwata, Osagie Izuogu, Tommi Jaakkola, Nader Jameel, Camden Jansen, Lixia Jiang, Peng Jiang, Audra Johnson, Rory Johnson, Irwin Jungreis, Madhura Kadaba, Maya Kasowski, Mary Kasparian, Momoe Kato, Rajinder Kaul, Trupti Kawli, Mike Kay, Judith C. Keen, Sündüz Keleş, Cheryl A. Keller, David R. Kelley, Manolis Kellis, Pouya Kheradpour, Daniel Sunwook Kim, Anthony Kirilusha, Robert J. Klein, Birgit Knoechel, Samantha Kuan, Michael Kulik, Sushant Kumar, Anshul Kundaje, Tanya Kutyavin, Julien Lagarde, Bryan R. Lajoie, Nicole Lambert, John Lazar, Ah Young Lee, Donghoon Lee, Elizabeth Lee, Jin Wook Lee, Kristen Lee, Christina S. Leslie, Shawn Levy, Bin Li, Hairi Li, Nan Li, Shantao Li, Xiangrui Li, Yang Li, Ying Li, Yining Li, Yue Li, Maxwell W. Libbrecht, Shin Lin, Yiing Lin, Dianbo Liu, Jason Liu, Peng Liu, Tingting Liu, X. Shirley Liu, Yan Liu, Yaping Liu, Maria Long, Shaoke Lou, Jane Loveland, Aiping Lü, Yuheng Lu, Éric Lécuyer, Lijia Ma, Mark Mackiewicz, Brandon J. Mannion, Michael Mannstadt, Deepa Manthravadi, Georgi K. Marinov, Fergal J. Martin, Eugenio Mattei, Kenneth McCue, Megan McEown, Graham McVicker, Sarah K. Meadows, Alex Meissner, Eric M. Mendenhall, C. Luke Messer, Wouter Meuleman, Clifford A. Meyer, Steve Miller, Matthew G. Milton, Tejaswini Mishra, Dianna E. Moore, Helen M. Moore, Jill E. Moore, Samuel H. Moore, Jennifer Moran, A Mortazavi, Jonathan M. Mudge, Nikhil Munshi, Rabi Murad, R Myers, Vivek Nandakumar, Preetha Nandi, Anil Narasimha, Aditi K. Narayanan, Hannah Naughton, Fábio C. P. Navarro, Patrick A. Navas, Jurijs Nazarovs, Jemma Nelson, Shane Neph, Fidencio Neri, Joseph R. Nery, Amy R. Nesmith, J. Scott Newberry, Kimberly M. Newberry, Vu N. Ngo, Rosy Nguyen, Thai B. Nguyen, Tung Nguyen, Andrew Nishida, William Stafford Noble, Catherine S. Novak, Eva Maria Novoa, Briana Nuñez, Sara Olson, Ericka Otterman, Hakan Özadam, Michael Pagan, Tsultrim Palden, Xinghua Pan, Yongjin Park, E. Christopher Partridge, Benedict Paten, Florencia Pauli, Michael J. Pazin, Baikang Pei, L Pennacchio, Emily Perry, Dmitri D. Pervouchine, Nishigandha Phalke, Quan Pham, Doug Phanstiel, Ingrid Plajzer-Frick, Henry Pratt, Sebastian Preißl, Jonathan K. Pritchard, Yuri Pritykin, Michael Purcaro, Qian Qin, Giovanni Quinones-Valdez, Ines Rabano, Ernest Radovani, Anil Raj, Nisha Rajagopal, Oren Ram, Lucı́a Ramı́rez, Ricardo N. Ramírez, Dylan M. Rausch, Soumya Raychaudhuri, Joseph J. Raymond, Rozita Razavi, Timothy E. Reddy, Thomas Reimonn, Bing Ren, Alexandre Reymond, Alex Reynolds, Suhn K. Rhie, John L. Rinn, Miguel N. Rivera, Juan Carlos Rivera‐Mulia, Brian S. Roberts, José Manuel Rodrı́guez, Joel Rozowsky, Russell J.H. Ryan, Eric Rynes, Denis Salins, Richard Sandstrom, Takayo Sasaki, Shashank Sathe, Daniel Savic, Alexandra Scavelli, Jonathan Scheiman, Christoph N. Schlaffner, Jeffery A. Schloss, Frank W. Schmitges, Lei Hoon See, Anurag Sethi, Manu Setty, Anthony Shafer, Shuo Shan, Eilon Sharon, Quan Shen, Yin Shen, Richard I. Sherwood, Minyi Shi, Sunyoung Shin, Noam Shoresh, Kyle Siebenthall, Cristina Sisu, Teri R. Slifer, Cricket A. Sloan, Anna M. Smith, Valentina Snetkova, M Snyder, Damek V. Spacek, Sharanya Srinivasan, Rohith Srivas, George Stamatoyannopoulos, J Stamatoyannopoulos, Rebecca Stanton, Dave Steffan, Sandra Stehling-Sun, J. Seth Strattan, Amanda Su, Balaji Sundararaman, Marie‐Marthe Suner, Tahin Syed, Matt Szynkarek, Forrest Y. Tanaka, Danielle Tenen, Mingxiang Teng, Jeffrey A. Thomas, Dave Toffey, Michael L. Tress, Diane Trout, Gosia Trynka, Junko Tsuji, Sean A. Upchurch, Oana Ursu, Barbara Uszczyńska-Ratajczak, Mia C. Uziel, Alfonso Valencia, Benjamin Van Biber, Arjan G. van der Velde, Eric L. Van Nostrand, Yekaterina Vaydylevich, Jesús Vázquez, Alec Victorsen, Jost Vielmetter, Jeff Vierstra, Axel Visel, Anna Vlasova, Christopher M. Vockley, Simona Volpi, Shinny Vong, Hao Wang, Mengchi Wang, Qin Wang, Ruth Wang, Tao Wang, Wei Wang, Xiaofeng Wang, Yanli Wang, Nathaniel Watson, Xintao Wei, Zhijie Wei, Hendrik Weisser, Sherman M. Weissman, Rene Welch, Robert E. Welikson, Zhiping Weng, Harm-Jan Westra, John W. Whitaker, Collin C. White, Kevin P. White, André Wildberg, Brian A. Williams, David Wine, Heather Witt, B Wold, Maxim Y. Wolf, James C. Wright, Rui Xiao, Xinshu Xiao, Jie Xu, Jinrui Xu, Koon‐Kiu Yan, Yongqi Yan, Hongbo Yang, Xinqiong Yang, Yiwen Yang, Galip Gürkan Yardımcı, Brian A. Yee, G Yeo, Taylor Young, Tianxiong Yu, Feng Yue, Chris Zaleski, Chongzhi Zang, Haoyang Zeng, Weihua Zeng, Daniel R. Zerbino, Jie Zhai, Lijun Zhan, Ye Zhan, Bo Zhang, Jialing Zhang, Jing Zhang, Kai Zhang, Lijun Zhang, Peng Zhang, Qi Zhang, Xiao‐Ou Zhang, Zhizhuo Zhang, Yuan Zhao, Ye Zheng, Guoqing Zhong, Xiaoqiao Zhou, Yun Zhu, Jared Zimmerman
Notice bibliographique
RevueNature · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensUniversity of TorontoMcGill UniversitySimon Fraser UniversityUniversité de MontréalMontreal Clinical Research Institute
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research Council
Mots-clésENCODEHuman genomeGeneBiologyGenomeChromatinComputational biologyGeneticsTranscription factorHistoneEvolutionary biology
Résumé
The Encylopedia of DNA Elements (ENCODE) Project launched in 2003 with the long-term goal of developing a comprehensive map of functional elements in the human genome. These included genes, biochemical regions associated with gene regulation (for example, transcription factor binding sites, open chromatin, and histone marks) and transcript isoforms. The marks serve as sites for candidate cis-regulatory elements (cCREs) that may serve functional roles in regulating gene expression1. The project has been extended to model organisms, particularly the mouse. In the third phase of ENCODE, nearly a million and more than 300,000 cCRE annotations have been generated for human and mouse, respectively, and these have provided a valuable resource for the scientific community. The authors summarize the history of the ENCODE Project, the achievements of ENCODE 1 and ENCODE 2, and how the new data generated and analysed in ENCODE 3 complement the previous phases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,028
Score d'incertitude au seuil0,093
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,006 |
| Communication savante | 0,004 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,028 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations227
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentnon