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Enregistrement W3046339673 · doi:10.1016/j.ajhg.2020.06.016

De Novo and Bi-allelic Pathogenic Variants in NARS1 Cause Neurodevelopmental Delay Due to Toxic Gain-of-Function and Partial Loss-of-Function Effects

2020· article· en· W3046339673 sur OpenAlexaff
Andreea Manole, Stéphanie Efthymiou, Emer O’Connor, Marisa I. Mendes, Matthew J. Jennings, Reza Maroofian, Indran Davagnanam, Kshitij Mankad, Maria Rodríguez‐López, Vincenzo Salpietro, Ricardo Harripaul, Lauren Badalato, Jagdeep S. Walia, Christopher S. Francklyn, Alkyoni Athanasiou‐Fragkouli, Roisin Sullivan, Sonal Desai, Kristin Barañano, Faisal Zafar, Nuzhat Rana, Muhammad Ilyas, Alejandro Horga, Majdi Kara, Francesca Mattioli, Alice Goldenberg, Helen Griffin, Amélie Piton, Lindsay B. Henderson, Benyekhlef Kara, Ayça Dilruba Aslanger, Joost Raaphorst, Rolph Pfundt, R Portier, Marwan Shinawi, Amelia Kirby, Katherine Christensen, Lu Wang, Rasim Özgür Rosti, Sohail Aziz Paracha, Muhammad Tahir Sarwar, Dagan Jenkins, Jawad Ahmed, Federico Santoni, Emmanuelle Ranza, Justyna Iwaszkiewicz, Cheryl Cytrynbaum, Rosanna Weksberg, Ingrid M. Wentzensen, María J. Guillen Sacoto, Yue Si, Aida Telegrafi, Marisa V. Andrews, Dustin Baldridge, Heinz Gabriel, Julia Mohr, Barbara Oehl‐Jaschkowitz, Sylvain Debard, Bruno Senger, Frédéric Fischer, Conny van Ravenwaaij, Annemarie Fock, Servi J.C. Stevens, Jürg Bähler, Amina Nasar, John F. Mantovani, Adnan Manzur, Anna Sarkozy, Desirée E.C. Smith, Gajja S. Salomons, Zubair M. Ahmed, S. Riazuddin, Saima Riazuddin, Muhammad A. Usmani, Annette Seibt, Muhammad Ansar, Stylianos E. Antonarakis, John B. Vincent, Muhammad Ayub, Mona Grimmel, Anne Marie Jelsig, Tina Duelund Hjortshøj, Helena Gásdal Karstensen, Marybeth Hummel, Tobias B. Haack, Yalda Jamshidi, Felix Distelmaier, Rita Horváth, Joseph G. Gleeson, H. D. Becker, Jean-Louis Mandel, David A. Koolen, Henry Houlden

Notice bibliographique

RevueThe American Journal of Human Genetics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenQueen's UniversityUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesNational Institute for Health and Care ResearchNational Institute of Neurological Disorders and StrokeMedical Research CouncilUniversity College LondonBrain Research UKEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentUniversity College London Hospitals NHS Foundation TrustRosetrees TrustMuscular Dystrophy UKWellcome TrustAtaxia UKMuscular Dystrophy Association
Mots-clésBiologyTransfer RNAMicrocephalyAlleleLoss functionGeneticsAminoacyl tRNA synthetaseCompound heterozygosityMutationAtaxiaFrameshift mutationTranslation (biology)Neurodevelopmental disorderGeneMessenger RNAPhenotypeRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Aminoacyl-tRNA synthetases (ARSs) are ubiquitous, ancient enzymes that charge amino acids to cognate tRNA molecules, the essential first step of protein translation. Here, we describe 32 individuals from 21 families, presenting with microcephaly, neurodevelopmental delay, seizures, peripheral neuropathy, and ataxia, with de novo heterozygous and bi-allelic mutations in asparaginyl-tRNA synthetase (NARS1). We demonstrate a reduction in NARS1 mRNA expression as well as in NARS1 enzyme levels and activity in both individual fibroblasts and induced neural progenitor cells (iNPCs). Molecular modeling of the recessive c.1633C>T (p.Arg545Cys) variant shows weaker spatial positioning and tRNA selectivity. We conclude that de novo and bi-allelic mutations in NARS1 are a significant cause of neurodevelopmental disease, where the mechanism for de novo variants could be toxic gain-of-function and for recessive variants, partial loss-of-function.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations64
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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