Long‐read sequencing reveals widespread intragenic structural variants in a recent allopolyploid crop plant
Notice bibliographique
Résumé
Genome structural variation (SV) contributes strongly to trait variation in eukaryotic species and may have an even higher functional significance than single-nucleotide polymorphism (SNP). In recent years, there have been a number of studies associating large chromosomal scale SV ranging from hundreds of kilobases all the way up to a few megabases to key agronomic traits in plant genomes. However, there have been little or no efforts towards cataloguing small- (30-10 000 bp) to mid-scale (10 000-30 000 bp) SV and their impact on evolution and adaptation-related traits in plants. This might be attributed to complex and highly duplicated nature of plant genomes, which makes them difficult to assess using high-throughput genome screening methods. Here, we describe how long-read sequencing technologies can overcome this problem, revealing a surprisingly high level of widespread, small- to mid-scale SV in a major allopolyploid crop species, Brassica napus. We found that up to 10% of all genes were affected by small- to mid-scale SV events. Nearly half of these SV events ranged between 100 bp and 1000 bp, which makes them challenging to detect using short-read Illumina sequencing. Examples demonstrating the contribution of such SV towards eco-geographical adaptation and disease resistance in oilseed rape suggest that revisiting complex plant genomes using medium-coverage long-read sequencing might reveal unexpected levels of functional gene variation, with major implications for trait regulation and crop improvement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».