Abstract B56: A CRISPR/Cas9 domain screen identifies a small motif in the PAX3-FOXO1 transactivation domain relevant for tumor maintenance in alveolar rhabdomyosarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Fusion transcription factors are the main drivers of tumorigenesis in many pediatric leukemias and sarcomas. One example is PAX3-FOXO1 (P3F), the pathognomonic marker of alveolar rhabdomyosarcoma (aRMS). Since these tumors are often also characterized by a quiet mutational landscape and a paucity of druggable oncogenes, the fusion proteins often remain as the only relevant drug target. However, transcription factors are challenging targets for small-molecule inhibitors, since they lack an enzymatic activity and, apart from the DNA binding domains, are usually intrinsically disordered. Identification of druggable structures in such proteins is therefore of great clinical interest. Our goal of this study was to identify new elements important for P3F activity. Towards this aim, we made use of the CRISPR/Cas9 technology and performed a saturated screen for identification of important functional domains in P3F in the endogenous context. This revealed that both DNA binding domains are indispensable, as expected for a transcription factor. Importantly, however, the screen also identified a 40-amino-acid-long domain at the C-terminus of the FOXO1 part to be strictly required for the function of the protein. Using a series of mutations in this domain in reporter assays, we identified a single cysteine whose mutation leads to more than 50% reduction in transcriptional activity. In addition, cells efficiently differentiated and stopped proliferating when this Cys was mutated in aRMS cells. These results suggest that functional interference with this domain could be a promising approach for aRMS therapy. Citation Format: Marco Wachtel, Katharina Benischke, Beat W. Schäfer. A CRISPR/Cas9 domain screen identifies a small motif in the PAX3-FOXO1 transactivation domain relevant for tumor maintenance in alveolar rhabdomyosarcoma [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on the Advances in Pediatric Cancer Research; 2019 Sep 17-20; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2020;80(14 Suppl):Abstract nr B56.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».