ARID1a Associates with Lymphoid-Restricted Transcription Factors and Has an Essential Role in T Cell Development
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Maturation of lymphoid cells is controlled by the action of stage and lineage-restricted transcription factors working in concert with the general transcription and chromatin remodeling machinery to regulate gene expression. To better understand this functional interplay, we used Biotin Identification in human embryonic kidney cells to identify proximity interaction partners for GATA3, TCF7 (TCF1), SPI1, HLF, IKZF1, PAX5, ID1, and ID2. The proximity interaction partners shared among the lineage-restricted transcription factors included ARID1a, a BRG1-associated factor complex component. CUT&RUN analysis revealed that ARID1a shared binding with TCF7 and GATA3 at a substantial number of putative regulatory elements in mouse T cell progenitors. In support of an important function for ARID1a in lymphocyte development, deletion of Arid1a in early lymphoid progenitors in mice resulted in a pronounced developmental arrest in early T cell development with a reduction of CD4+CD8+ cells and a 20-fold reduction in thymic cellularity. Exploring gene expression patterns in DN3 cells from Wt and Arid1a-deficient mice suggested that the developmental block resided in the DN3a to DN3b transition, indicating a deficiency in β-selection. Our work highlights the critical importance of functional interactions between stage and lineage-restricted factors and the basic transcription machinery during lymphocyte differentiation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».