αβDCA method identifies unspecific binding but specific disruption of the group I intron by the StpA chaperone
Notice bibliographique
Résumé
Chaperone proteins—the most disordered among all protein groups—help RNAs fold into their functional structure by destabilizing misfolded configurations or stabilizing the functional ones. But disentangling the mechanism underlying RNA chaperoning is challenging, mostly because of inherent disorder of the chaperones and the transient nature of their interactions with RNA. In particular, it is unclear how specific the interactions are and what role is played by amino acid charge and polarity patterns. Here, we address these questions in the RNA chaperone StpA. We adapted direct coupling analysis (DCA) into the αβDCA method that can treat in tandem sequences written in two alphabets, nucleotides and amino acids. With αβDCA, we could analyze StpA–RNA interactions and show consistency with a previously proposed two-pronged mechanism: StpA disrupts specific positions in the group I intron while globally and loosely binding to the entire structure. Moreover, the interactions are strongly associated with the charge pattern: Negatively charged regions in the destabilizing StpA amino-terminal affect a few specific positions in the RNA, located in stems and in the pseudoknot. In contrast, positive regions in the carboxy-terminal contain strongly coupled amino acids that promote nonspecific or weakly specific binding to the RNA. The present study opens new avenues to examine the functions of disordered proteins and to design disruptive proteins based on their charge patterns.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».