Comparative structural analyses and nucleotide-binding characterization of the four KH domains of FUBP1
Notice bibliographique
Résumé
The FUBP1-FUSE complex is an essential component of a transcription molecular machinery that is necessary for tight regulation of expression of many key genes including c-Myc and p21. FUBP1 utilizes its four articulated KH modules, which function cooperatively, for FUSE nucleotide binding. To understand molecular mechanisms fundamental to the intermolecular interaction, we present a set of crystal structures, as well ssDNA-binding characterization of FUBP1 KH domains. All KH1-4 motifs were highly topologically conserved, and were able to interact with FUSE individually and independently. Nevertheless, differences in nucleotide binding properties among the four KH domains were evident, including higher nucleotide-binding potency for KH3 as well as diverse nucleotide sequence preferences. Variations in amino acid compositions at one side of the binding cleft responsible for nucleobase resulted in diverse shapes and electrostatic charge interaction, which might feasibly be a contributing factor for different nucleotide-binding propensities among KH1-4. Nonetheless, conservation of structure and nucleotide-binding property in all four KH motifs is essential for the cooperativity of multi KH modules present in FUBP1 towards nanomolar affinity for FUSE interaction. Comprehensive structural comparison and ssDNA binding characteristics of all four KH domains presented here provide molecular insights at a fundamental level that might be beneficial for elucidating the mechanisms of the FUBP1-FUSE interaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».