Specialized and shared functions of diguanylate cyclases and phosphodiesterases in <i>Streptomyces</i> development
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The second messenger bis‐3,5‐cyclic di‐guanosine monophosphate (c‐di‐GMP) determines when Streptomyces initiate sporulation. c‐di‐GMP signals are integrated into the genetic differentiation network by the regulator BldD and the sigma factor σ WhiG . However, functions of the development‐specific diguanylate cyclases (DGCs) CdgB and CdgC, and the c‐di‐GMP phosphodiesterases (PDEs) RmdA and RmdB, are poorly understood. Here, we provide biochemical evidence that the GGDEF‐EAL domain protein RmdB from S. venezuelae is a monofunctional PDE that hydrolyzes c‐di‐GMP to 5′pGpG. Despite having an equivalent GGDEF‐EAL domain arrangement, RmdA cleaves c‐di‐GMP to GMP and exhibits residual DGC activity. We show that an intact EAL motif is crucial for the in vivo function of both enzymes since strains expressing protein variants with an AAA motif instead of EAL are delayed in development, similar to null mutants. Transcriptome analysis of ∆ cdgB , ∆ cdgC , ∆ rmdA, and ∆ rmdB strains revealed that the c‐di‐GMP specified by these enzymes has a global regulatory role, with about 20% of all S. venezuelae genes being differentially expressed in the cdgC mutant. Our data suggest that the major c‐di‐GMP‐controlled targets determining the timing and mode of sporulation are genes involved in cell division and the production of the hydrophobic sheath that covers Streptomyces aerial hyphae and spores.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».