Presence of the Hmq system and production of 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines is heterogeneously distributed between <i>Burkholderia cepacia</i> complex species and more prevalent among environmental than clinical isolates
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Some Burkholderia cepacia complex (Bcc) strains have been reported to produce 4-hydroxy-3-methyl-2-alkylquinolines (HMAQs), analogous to the 4-hydroxy-2-alkylquinolines of Pseudomonas aeruginosa . Using in silico analyses, we previously showed that the hmqABCDEFG operon, which encodes enzymes involved in the biosynthesis of HMAQs, is carried by about one-third of Bcc strains, with considerable inter- and intra-species variability. In the present study, we investigated by PCR, using consensus primers, the distribution of hmqABCDEFG in a collection of 313 Bcc strains (222 of clinical and 91 of environmental origins) - belonging to 18 Bcc species. We confirmed that the distribution is species-specific, although not all strains within a species carry the hmqABCDEFG operon. Among the 30% of strains bearing the hmqABCDEFG operon, we measured the total HMAQs production and showed that 90% of environmental isolates and 68% of clinically isolated Bcc produce detectable levels of HMAQs when cultured in TSB medium. For the strains having the hmqABCDEFG operon but not producing HMAQs, we studied the transcription and showed that none expressed the hmqA gene under the specified culture conditions. Interestingly, the hmqABCDEFG operon is more prevalent among plant root environment species (e.g. B. ambifaria, B. cepacia ) and absent in species commonly found in chronically colonized individuals with cystic fibrosis (e.g. B. cenocepacia, B. multivorans ), suggesting that the Hmq system could play a role in niche adaptation by influencing rhizosphere microbial community and could have been lost through evolution. Understanding the Hmq system and its regulation will provide clues concerning the production of HMAQs and their functions in Bcc.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».