A CRISPR Screen Identifies Myc-associated Zinc Finger Protein (MAZ) as an Insulator Functioning at CTCF boundaries in <i>Hox</i> Clusters
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The essential CCCTC-binding factor (CTCF) is critical to three-dimensional (3D) genome organization. CTCF binding insulates active and repressed genes within the Hox clusters upon differentiation, but such binding does not participate in boundary formation in all cell types, such as embryonic stem cells. We conducted a genome-wide CRISPR knockout screen to identify genes required for CTCF boundary activity at the HoxA cluster, complemented by novel biochemical approaches. This screen identified Myc-associated zinc finger protein (MAZ) as a CTCF insulator co-factor, among other candidates listed herein. MAZ depletion or specific deletion of MAZ motifs within the Hox clusters led to de-repression of posterior Hox genes immediately after CTCF boundaries upon differentiation, which phenocopied deletion of the proximal CTCF motifs. Similar to CTCF, MAZ interacted with the cohesin subunit, RAD21. Upon loss of MAZ, local contacts within topologically associated domains (TADs) were disrupted, as evidenced by HiC analysis. Thus, MAZ is a novel factor sharing insulation properties with CTCF and contributing to the genomic architectural organization. One Sentence Summary MAZ is identified as an insulator functioning at CTCF boundaries delimiting active and repressed genes at Hox clusters
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».