Outcome prediction based on single nucleotide polymorphisms (SNPs) in DNA repair paths in patients (pts) with esophageal adenocarcinoma (EAC) treated with preoperative (preop) cisplatin (C)-based chemoradiation (CRT): Results from the Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG)
Notice bibliographique
Résumé
4530 Background: EAC has eluded cure even with platin-based CRT. Stratifying pts by likelihood of success is one approach to improving outcomes. We assessed whether SNPs in DNA repair paths are associated with complete pathologic response (pCR) in EAC pts who received C-based CRT followed by surgery. Methods: Patients and specimens: Pretreatment biopsy or post-CRT resection samples were obtained from pts (EAC, stage II-IVa) treated on a randomized phase II trial, E1201 (n=86), of preop CRT (RT to 45 Gy). Arm A: Preop C 30 mg/m2 + irinotecan (I) 50 mg/m2 days (d) 1, 8, 22, 29 with RT. Post-op C 30 mg/m2 + I 65 mg/m2 d 1, 8 q21 days x 3. Arm B: Preop C 30 mg/m2 + paclitaxel (P) 50 mg/m2 d 1, 8, 15, 22, 29 with RT. Post-op C 75 mg/m2 + P 175 mg/m2 d 1 q21 days x 3. Clinical outcome - pCR: (A) 14% [95% CI 5.5%, 28.5%]; (B) 16% [95% CI 6.7%, 30.1%]. Median overall survival (OS): (A) 34.9 m (months) [90% CI 23.5, not reached]; (B) 20.9 m [90% CI 17.4, 46.7]. Experimental procedure: Normal tissue was microdissected from unstained sections of paraffin-embedded tissue. DNA was extracted (Qiagen). Genotyping was performed by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (Sequenom) for all SNPs. Each SNP was dichotomized a priori into: (1) major homozygote vs (2) minor (heterozygote plus minor homozygote) allele groups. Data analysis was performed centrally, with lab investigators blinded to clinical data. Exact logistic regression was used to derive ORs for non-pCR, using the major homozygote as the reference (2-sided p values). Results: Germline DNA was available in 68 pts; 60 were eligible and began therapy ( Table ). Conclusions: In this homogenous, well-defined cohort, the XRCC1 Arg399Gln minor allele group was associated with lower pCR (p=0.06). Lab data on a panel of additional SNPs have been collected and are under analysis for presentation at the meeting. [Table: see text] [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».