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Enregistrement W3081411221 · doi:10.7554/elife.60675

Differential occupational risks to healthcare workers from SARS-CoV-2 observed during a prospective observational study

2020· article· en· W3081411221 sur OpenAlexfundno aff
David W. Eyre, Sheila Lumley, Denise O’Donnell, Mark Campbell, Elizabeth Sims, Elaine Lawson, Fiona C Warren, Tim James, Stuart Cox, Alison Howarth, George Doherty, Stephanie B. Hatch, James Kavanagh, Kevin Chau, Philip W. Fowler, Jeremy Swann, Denis Volk, Fan Yang-Turner, Nicole Stoesser, Philippa C. Matthews, Maria Dudareva, T. J. Davies, R. H. Shaw, Leon Peto, Louise Downs, Alexander Vogt, Ali Amini, Bernadette Young, Philip G. Drennan, Alexander J. Mentzer, Donal Skelly, Fredrik Karpe, Matt J. Neville, Monique Andersson, Andrew Brent, Nicola Jones, Lucas Martins Ferreira, Thomas Christott, Brian D. Marsden, Sarah Hoosdally, Richard J. Cornall, Derrick W. Crook, David I. Stuart, Gavin Screaton, Adam Watson, A Taylor, Alan Chetwynd, Alexander Grassam-Rowe, Alexandra Mighiu, Angus Livingstone, Annabel Killen, Caitlin Rigler, Callum Harries, Cameron East, Charlotte Lee, Chris Mason, Christian Holland, Connor Thompson, Conor Hennesey, Constantinos Savva, David Kim, Edward Harris, Euan J McGivern, Evelyn Qian, Evie Rothwell, Francesca Back, Gabriella Kelly, Gareth Watson, Gregory Howgego, Hannah Chase, Hannah Danbury, Hannah Laurenson-Schafer, Harry Ward, Holly Hendron, Imogen C Vorley, Isabel Tol, James Gunnell, Jocelyn Ward, Jonathan Drake, Joseph D. Wilson, Joshua Morton, Julie Dequaire, Katherine O’Byrne, Kenzo Motohashi, Kirsty Harper, Krupa Ravi, Lancelot Jamie Millar, Liam J Peck, Madeleine Oliver, Marcus Rex English, Mary Kumarendran, Matthew Wedlich, Olivia Ambler, Oscar Deal, Owen Sweeney, Philip Cowie, Rebecca te Water Naudé, Rebecca Young, Rosie Freer, Samuel Scott, Samuel Sussmes, Sarah Peters, Saxon Pattenden, Seren Waite, Síle A. Johnson, Stefan Kourdov, Stephanie Santos-Paulo, Stoyan Dimitrov, Sven Kerneis, Tariq Ahmed-Firani, Thomas B. King, Thomas Ritter, Thomas Foord, Zoe de Toledo, Thomas Christie, Bernadett Gergely, David Axten, Emma-Jane Simons, Heather Nevard, Jane Philips, Justyna Szczurkowska, Kaisha Patel, Kyla Smit, Laura Warren, Lisa Morgan, Lucianne Smith, Maria Robles, Mary McKnight, Michael Luciw, Michelle Gates, Nellia Sande, Rachel Turford, Roshni Ray, Sonam Rughani, Tracey Mitchell, Trisha Bellinger, Vicki Wharton, Anita Justice, Gerald Jesuthasan, Susan Wareing, Nurul Huda Mohamad Fadzillah, Kathryn Cann, Richard Kirton, Claire Sutton, Claudia Salvagno, Gabriella D’Amato, Gemma Pill, Lisa Butcher, Lydia Rylance-Knight, Merline Tabirao, Ruth Moroney, Sarah Wright, Tim Peto, Bruno Holthof, Daniel Ebner, Christopher P. Conlon, Katie Jeffery, A Sarah Walker

Notice bibliographique

RevueeLife · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesStructural Genomics ConsortiumNational Institute for Health and Care ResearchKennedy Trust for Rheumatology ResearchGovernment of the United KingdomRobertson FoundationWellcome TrustMedical Research FoundationMedical Research CouncilWellcome
Mots-clésMedicinePersonal protective equipmentOdds ratioCoronavirus disease 2019 (COVID-19)Observational studySevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Intensive care unitOutbreakAsymptomaticHealth careEmergency medicineFamily medicineInternal medicineVirologyInfectious disease (medical specialty)Disease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We conducted voluntary Covid-19 testing programmes for symptomatic and asymptomatic staff at a UK teaching hospital using naso-/oro-pharyngeal PCR testing and immunoassays for IgG antibodies. 1128/10,034 (11.2%) staff had evidence of Covid-19 at some time. Using questionnaire data provided on potential risk-factors, staff with a confirmed household contact were at greatest risk (adjusted odds ratio [aOR] 4.82 [95%CI 3.45-6.72]). Higher rates of Covid-19 were seen in staff working in Covid-19-facing areas (22.6% vs. 8.6% elsewhere) (aOR 2.47 [1.99-3.08]). Controlling for Covid-19-facing status, risks were heterogenous across the hospital, with higher rates in acute medicine (1.52 [1.07-2.16]) and sporadic outbreaks in areas with few or no Covid-19 patients. Covid-19 intensive care unit staff were relatively protected (0.44 [0.28-0.69]), likely by a bundle of PPE-related measures. Positive results were more likely in Black (1.66 [1.25-2.21]) and Asian (1.51 [1.28-1.77]) staff, independent of role or working location, and in porters and cleaners (2.06 [1.34-3.15]).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,025

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,360
Tête enseignante GPT0,443
Écart entre enseignants0,083 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations287
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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