Abstract B25: SMARCA4/BRG1 and AP-1 co-regulate an epithelial-like signature in small-cell carcinoma of ovary, hypercalcemic type (SCCOHT)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mutations in SMARCA4 (BRG1), one of the two mutually exclusive ATPases of the SWI/SNF chromatin remodeling complex, occur in >95% of small cell carcinomas of the ovary, hypercalcemic type (SCCOHT), a rare and aggressive form of ovarian cancer. Because of its apparent role as a driver for SCCOHT, we performed integrative multi-omic analyses in a SCCOHT cell line +/- BRG1 re-expression to identify its role in SCCOHT tumorigenesis. After re-expression, BRG1 was recruited to both distal and promoter regions. We also observed increased chromatin accessibility at distal sites enriched for transcription factor binding motifs for AP-1 family members. Of interest, BRG1 re-expression induced an epithelial-like gene and protein expression concomitant with enrichment of AP-1 motifs at the TSS of highly upregulated epithelial genes. To determine the biologic relevance of these changes at AP-1 binding sites, we used a dominant negative AP-1 cell line to demonstrate that the necessity of AP-1 DNA binding activity and BRG1 re-expression for the protein expression of epithelial genes. Our study demonstrates that BRG1 loss may drive SCCOHT tumorigenesis by diminishing an epithelial-like gene and protein signature of its cell of origin driven by altered AP-1 binding. Citation Format: Krystal A. Orlando, Jesse R. Raab, Amber K. Douglas, Aierken Abudu, Yemin Wang, Gian Luca Negri, Shane Colborne, Gregg B. Morin, Jessica D. Lang, William P.D. Hendricks, Elizabeth A. Raupach, Patrick Pirrotte, David G. Huntsman, Jeffrey M. Trent, Joel S. Parker, Bernard E. Weissman. SMARCA4/BRG1 and AP-1 co-regulate an epithelial-like signature in small-cell carcinoma of ovary, hypercalcemic type (SCCOHT) [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Advances in Ovarian Cancer Research; 2019 Sep 13-16, 2019; Atlanta, GA. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2020;26(13_Suppl):Abstract nr B25.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».