Metabolomic Comparison and Assessment of Co-cultivation and a Heat-Killed Inducer Strategy in Activation of Cryptic Biosynthetic Pathways
Notice bibliographique
Résumé
Co-cultivation has been used as a promising tool to turn on or up-regulate cryptic biosynthetic pathways for microbial natural product discovery. Recently, a modified culturing strategy similar to co-cultivation was investigated, where heat-killed inducer cultures were supplemented to the culture medium of producer fermentations to induce cryptic pathways. In the present study, the repeatability and effectiveness of both methods in turning on cryptic biosynthetic pathways were unbiasedly assessed using UHPLC-HRESIMS-based metabolomics analysis. Both induction methods had good repeatability, and they resulted in very different induced metabolites from the tested producers. Co-cultivation generated more induced mass features than the heat-killed inducer cultures, while both methods resulted in the induction of mass features not observed using the other induction method. As examples, pathways leading to two new natural products, N-carbamoyl-2-hydroxy-3-methoxybenzamide (1) and carbazoquinocin G (5), were induced and up-regulated through co-culturing a producer Streptomyces sp. RKND-216 with inducers Alteromonas sp. RKMC-009 and M. smegmatis ATCC 120515, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».