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Enregistrement W3083869695

ELR interacts with sobir1 to mount defense responses against phytophthora infestans in potato

2016· article· en· W3083869695 sur OpenAlexaff
Emmanouil Domazakis, M.H.A.J. Joosten, T. C. A. E. Wouters, Sophien Kamoun, Richard G. F. Visser, Vivianne G. A. A. Vleeshouwers

Notice bibliographique

RevueSocio-Environmental Systems Modeling · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Pathogens and Resistance
Établissements canadiensVariation Biotechnologies (Canada)
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhytophthora infestansMountBiologyGeographyBlightBotanyComputer science
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Late blight, caused by the oomycete Phytophthora infestans, is the most threatening disease of potato. So far, plant breeding for late blight resistance has been focused on the introduction of cytoplasmic NLR resistance (R) genes. However, any introduced R-gene has been defeated by the pathogen rather quickly, indicating that alternative resistance mechanisms should be studied. Recently, the receptor-like protein ELR was identified in a wild potato species, Solanum microdontum (Sm). ELR confers response to elicitins, a highly conserved family of secreted effectors of Phytophthora and Pythium. It has been shown that upon INF1 elicitation, ELR forms an inducible complex with the receptor-like kinase (RLK) SERK3. In order to study whether ELR associates with potato SOBIR1, another RLK involved in immunity, co-immunoprecipitation studies were performed. We found that ELR is indeed forming a constitutive complex with SmSOBIR1. Moreover, SmSOBIR1 seems to have a stabilizing effect on ELR, leading to a higher accumulation of the receptor. Virus-induced gene silencing (VIGS) studies of SOBIR1 homologues in Nicotiana benthamiana resulted in a compromised response to INF1 of P. infestans. This response could be complemented by expressing a synthetic version of SmSOBIR1 that is not targeted by VIGS. Additionally, the same NbSOBIR1-silenced plants were more susceptible to a number of P. infestans isolates. This indicates that SOBIR1 plays an important role in plant defense against P. infestans, as shown for other pathogens. Further studies aim to demonstrate whether ELR physically associates with INF1 in a direct or indirect fashion.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,200
Écart entre enseignants0,184 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
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