Pax7 pioneer factor action requires both paired and homeo DNA binding domains
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The pioneer transcription factor Pax7 contains two DNA binding domains (DBD), a paired and a homeo domain. Previous work on Pax7 and the related Pax3 had shown that each DBD can bind a cognate DNA sequence, thus defining two targets of binding and possibly modalities of action. Genomic targets of Pax7 pioneer action leading to chromatin opening are enriched for composite DNA target sites containing juxtaposed binding sites for both paired and homeo domains. The present work investigated the implication of both DBDs in pioneer action. We now show that the composite sequence is a higher affinity Pax7 binding site compared to either paired or homeo binding sites and that efficient binding to this site involves both DBDs. We also show that a Pax7 monomer binds composite sites and that methylation of cytosines within the binding site does not affect binding, which is consistent with pioneer action exerted at methylated DNA sites within nucleosomal heterochromatin. Finally, introduction of single amino acid mutations in either the paired or homeo domain that impair binding to cognate DNA sequences showed that both DBDs must be intact for pioneer action. In contrast, only the paired domain is required for low affinity binding of heterochromatin sites. Thus, Pax7 pioneer action on heterochromatin requires unique protein:DNA interactions that are more complex compared to its simpler DNA binding modalities at accessible enhancer target sites. Significance Statement Pioneer transcription factors have the unique ability to recognize DNA target sites within closed heterochromatin and to trigger chromatin opening. Only a fraction of the heterochromatin recruitment sites of pioneers are subject to chromatin opening. The molecular basis for this selectivity is unknown and the present work addressed the importance of DNA sequence affinity for selection of sites to open. The pioneering ability of the pioneer factor Pax7 is not strictly determined by affinity or DNA sequence of binding sites, nor by number or methylation status of DNA sites. Mutation analyses showed that recruitment to heterochromatin is primarily dependent on the Pax7 paired domain whereas the ability to open chromatin requires both paired and homeo DNA binding domains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».