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Enregistrement W3092429722 · doi:10.1101/2020.10.07.326983

Evolutionary history of the Galápagos Rail revealed by ancient mitogenomes and modern samples

2020· preprint· en· W3092429722 sur OpenAlexaff
Jaime A. Chaves, Pedro J. Martinez-Torres, Emiliano A. Depino, Sebastian Espinoza‐Ulloa, Jefferson García‐Loor, Annabel C. Beichman, Martin Stervander

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic diversity and population structure
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesEuropean CommissionUniversidad San Francisco de QuitoNational Science Foundation
Mots-clésBiologyGenetic diversityEcologyHabitatPopulationCladeEvolutionary biologyPhylogenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The biotas of the Galápagos Islands are probably one of the best studied island systems and have provided a broad model of insular species’ origins and evolution. Nevertheless, some Galápagos species remain poorly characterized, such as the Galápagos Rail Laterallus spilonota . This bird species is one of the less explored groups of endemic vertebrates on these islands, due to its elusive behavior, cryptic plumage and restricted distribution. To date there is no genetic assessment of its origins and sister relationships to other taxa, and importantly, there is no data on its current genetic diversity. This lack of information is critical given the adverse fate of island rail species around the world in the recent past. Here we examine the genetics of Galápagos Rails using a combination of mitogenome de novo assembly with multi-locus sequencing (mtDNA+nuDNA) from both modern and historical samples. We show that the Galápagos Rail is part of the ‘American black rail clade’, sister to Black Rail L. jamaicensis , with a colonization of Galápagos dated to 1.2 Mya. The separate analysis of cyt b , ND2, and RAG-1 markers demonstrates shallow population structure across sampled islands, possibly due to elevated island connectivity. Additionally, birds sampled from Pinta possessed the lowest levels of genetic diversity, most likely reflecting the impact of past bottlenecks due to habitat loss caused by invasive goats grazing on sensitive habitat. The data presented here highlights the low genetic diversity in this endemic rail species and suggests the use of genetic data (both modern and historical) to guide conservation efforts.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,774
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,175 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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