Notice bibliographique
Résumé
3343 Germline mutations in the mismatch repair (MMR) genes predispose to a common form of colorectal cancer known as hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC) or Lynch Syndrome. Approximately 25% of sequence alterations in the MMR genes are of uncertain pathogenic relevance, which poses difficulties for predictive testing programs offered to familial colorectal cancer patients. We hypothesize that missense alterations in distinct domains of the MMR proteins likely affect their function(s) to varying degrees and this likely contributes to the variable disease phenotype observed in HNPCC. Hence this project aims to characterize the pathogenicity associated with a panel of variants of unknown functional significance, and to elucidate the mechanisms by which they exert their effects. We have selected a panel of unclassified variants identified in HNPCC patients based on their presence in functional domains, evolutionary status and pathogenicity as predicted by computational databases. The variants chosen in hMLH1 include: I19F, A128S, R265C, K618A and L749Q. These variants were created in plasmids containing wild type MLH1 cDNA by site-directed mutagenesis, verified by sequencing and transiently transfected into the colon cancer cell line HCT116, which is deficient for hMLH1. Western blotting assays were carried out to ascertain the expression levels of the proteins. Coimmunoprecipitation experiments were performed to determine if these putative mutations disrupt interactions with partner proteins. In order to differentiate between endogenous and transfected mRNA, we have sub-cloned the wild type and variant MLH1 cDNAs into tagged expression constructs, which will be used in mRNA stability assays following Actinomycin D treatment. Cyto-nuclear fractionation experiments are in progress to ascertain if the variants affect the localization of the MMR proteins. Results indicate that the variants R265C and K618A significantly decrease the overall expression of MLH1 compared to the wild type vector. I19F, A128S and L749Q however, affect the temporal expression profile of MLH1, indicating a possible decrease in the stability of the protein. Coimmunoprecipitation experiments indicate that the ability of the MLH1 L749Q variant to interact with its cognate partner PMS2 is compromised. This is an interesting observation as this variant is located just adjacent to the previously defined PMS2 interaction domain. Preliminary results from cyto-nuclear fractionation studies show no difference between the localization of the variants R265C, L749Q and wild type MLH1. Our results indicate that the majority of unclassified variants investigated in this study perturb the expression and/ or interaction of the MMR proteins. In addition to its clinical utility, these studies will also provide a better understanding of the MMR proteins and the manner in which they contribute to colorectal cancer progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».