Third-Generation Cephalosporin- and Tetracycline-Resistant <i>Escherichia coli</i> and Antimicrobial Resistance Genes from Metagenomes of Mink Feces and Feed
Notice bibliographique
Résumé
American mink (Neovison vison) is a significant source of global fur production. Except for a few studies from Denmark and Canada reporting antimicrobial resistance in bacteria isolated from clinical cases, studies from the general mink population are scarce and absent in the United States. Mink feces (n = 42) and feed (n = 8) samples obtained from a mink farm were cultured for the enumeration and detection of tetracycline-resistant (TETr)- and third-generation cephalosporin-resistant (TGCr)-Escherichia coli. Isolates were characterized phenotypically for their resistance to other antibiotics and genotypically for resistance genes. TETrE. coli were detected from 98% of feces samples (mean concentration = 6 log10) and from 100% of feed samples (mean concentration = 3.2 logs). Among TETrE. coli isolates, 44% (n = 41) of fecal- and 50% (n = 8) of feed isolates were multidrug resistant (MDR; resistance to ≥3 antimicrobial classes), and 96% (n = 49) of TETr isolates were positive for tet(A) and/or tet(B). TGCrE. coli were detected from 95% of feces and 75% of feed samples with 78% (n = 40) of fecal isolates, and all six of the feed isolates were MDR. Nearly two-thirds (65%) of the TGCrE. coli isolates (n = 46) were positive for blaCMY-2; the remaining 35% were positive for blaCTX-M, with the blaCTX-M-14 being the predominant (75%, n = 16) variant detected. Metagenomic DNA was extracted directly from feces and feed samples, and it was tested for 84 antimicrobial resistance genes by using quantitative polymerase chain reaction (PCR) array; selected genes were also quantified by droplet digital PCR. The genes detected from the fecal samples belonged mainly to five antimicrobial classes: macrolide–lincosamide–streptogramin B (MLSB; 100% prevalence), TETs (88.1%), β-lactams (71.4%), aminoglycosides (66.7%), and fluoroquinolones (47.6%). β-Lactam, MLSB, and TET resistance genes were also detected from feed samples. Our study serves as a baseline for further studies and to streamline antimicrobial use in mink production in accordance with current regulations as in food animals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».